PlantPromoterDB promoter information of AT4G37450.1

Summary of Gene (AT4G37450.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G37450 TAIR NCBI
Gene model	AT4G37450.1
Description	AGP18 is a lysine-rich arabinogalactan-protein (AGP) and part of a multi-gene family of glycoproteins with approx. 50 members. It falls into one subclass with AGP17 and AGP19, other lysine-rich AGPs. It is expressed in young leaves, shoots, roots and flowers.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 17616334-17615135)

`Genome position from initiation codon` `AT4G37460.1 TSS from cDNA TSS information AT4G37450.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G37450.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 17606826 -92

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	17606826	-92

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 17606829 -95

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	17606829	-95

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CGCCTATATAAAAC - 17606854 17606867 -120 -133

Y Patch CTTCTCTT - 17606843 17606850 -109 -116

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CGCCTATATAAAAC`	-	17606854	17606867	-120	-133
Y Patch	`CTTCTCTT`	-	17606843	17606850	-109	-116
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATCCAACG - 17606886 17606893 -152 -159

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATCCAACG`		-	17606886	17606893	-152	-159
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 17615862 AT4G37460.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	17615862	AT4G37460.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 17615776 AT4G37460.1

TSS clone T clone - 17615708 AT4G37460.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	17615776	AT4G37460.1
TSS clone	`T`	clone	-	17615708	AT4G37460.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTCACGTGAC - 17615902 17615911 AT4G37460.1

AtREG583 GTCACGTGAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG AGTGGGCTAGGCCCATATA - 17615925 17615943 AT4G37460.1

AtREG510 AGTGGGCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG475       CTAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358        TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354         AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364          GGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432           GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620            CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAGCCCATTG - 17615964 17615973 AT4G37460.1

AtREG581 TAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372 AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG551   GCCCATTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAGTCAA - 17616149 17616156 AT4G37460.1

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC