version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G38092.1

Summary of Gene (AT4G38092.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G38092  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G38092.1  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G04490.1); Has 73 Blast hits to 73 proteins in 30 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 53; Fungi - 0; Plants - 15; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 17884340-17885539)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G38092.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT4G38090.1         
AT4G38090.2         
AT4G38090.3         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence


 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G38092.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-17884740AT4G38090.1, AT4G38090.2, AT4G38090.3
TSS clone peakAclone-17884726AT4G38090.1, AT4G38090.2, AT4G38090.3
TSS cloneAclone-17884710AT4G38090.1, AT4G38090.2, AT4G38090.3
TSS cloneAclone-17884707AT4G38090.1, AT4G38090.2, AT4G38090.3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACCGAACC-1788481717884824AT4G38090.1, AT4G38090.2, AT4G38090.3
 AtREG451ACCGAACC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCAAACCG-1788485617884863AT4G38090.1, AT4G38090.2, AT4G38090.3
 AtREG550CCAAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCGCGTGAA-1788489817884905AT4G38090.1, AT4G38090.2, AT4G38090.3
 AtREG631CGCGTGAADrought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAGCGCGTGA-1788498117884989AT4G38090.1, AT4G38090.2, AT4G38090.3
 AtREG381AGCGCGTG  PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG395 GCGCGTGA PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.