PlantPromoterDB promoter information of AT4G38430.1

Summary of Gene (AT4G38430.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G38430 TAIR NCBI
Gene model	AT4G38430.1
Description	Member of the RopGEF (guanine nucleotide exchange factor) family, containing the novel PRONE domain (plant-specific Rop nucleotide exchanger), which is exclusively active towards members of the Rop subfamily, also known as DUF315). Interacts with ROP1 but the whole protein lacks Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity in vitro. The DUF315/PRONE domain is sufficient to confer RopGEF catalytic activity.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 17985643-17986842)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G38430.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G38430.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 17986469 -174

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	17986469	-174

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 17986519 -124

TSS clone T clone + 17986560 -83

TSS clone T clone + 17986564 -79

TSS clone T clone + 17986582 -61

TSS clone T clone + 17986584 -59

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	17986519	-124
TSS clone	`T`	clone	+	17986560	-83
TSS clone	`T`	clone	+	17986564	-79
TSS clone	`T`	clone	+	17986582	-61
TSS clone	`T`	clone	+	17986584	-59

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCATCTCTCTCTCTCTTTCTCTCT + 17986490 17986517 -153 -126

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCATCTCTCTCTCTCTTTCTCTCT`	+	17986490	17986517	-153	-126
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATCCAACGG + 17986258 17986266 -385 -377

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

AtREG554 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG CCGTTAAA + 17986329 17986336 -314 -307

AtREG610 CCGTTAAA PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG ACGGTTTAT + 17986358 17986366 -285 -277

AtREG652 ACGGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG598 CGGTTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATCCAACGG`		+	17986258	17986266	-385	-377
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG554	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`CCGTTAAA`		+	17986329	17986336	-314	-307
	AtREG610	`CCGTTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`ACGGTTTAT`		+	17986358	17986366	-285	-277
	AtREG652	`ACGGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG598	`CGGTTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None