version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G38470

Summary of Gene (AT4G38470)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G38470  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G38470  
Description protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine/tyrosine kinase activity, protein kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation, metabolic process; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, core (InterPro:IPR000719), Serine/threonine protein kinase (InterPro:IPR002290), Amino acid-binding ACT (InterPro:IPR002912), Tyrosine protein kinase (InterPro:IPR001245), ATMRK serine/threonine protein kinase-like (InterPro:IPR015783), Serine/threonine protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein kinase family protein (TAIR:AT4G35780.1); Has 97982 Blast hits to 96223 proteins in 3577 species: Archae - 79; Bacteria - 8432; Metazoa - 43587; Fungi - 8194; Plants - 19438; Viruses - 506; Other Eukaryotes - 17746 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 17986082-17987281)

Genome position     
from initiation codon
AT4G38430.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G38470                        5'->3' (+)
Promoter sequence















 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G38470

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA23+17999203-229

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+17999154-278

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTCTC+1799921317999220-219-212
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACGGTTTAA+1799894617998954-486-478
 AtREG652ACGGTTTA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG473 CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTCGCCACG+1799908017999087-352-345
 AtREG471TCGCCACGABA PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGCGTCGTTTT+1799912017999128-312-304
 AtREG415CGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG520 GTCGTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA5+17986469AT4G38430.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+17986519AT4G38430.1
TSS cloneTclone+17986560AT4G38430.1
TSS cloneTclone+17986564AT4G38430.1
TSS cloneTclone+17986582AT4G38430.1
TSS cloneTclone+17986584AT4G38430.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTCATCTCTCTCTCTCTTTCTCTCT+1798649017986517AT4G38430.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATCCAACGG+1798625817986266AT4G38430.1
 AtREG586ATCCAACG  PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 AtREG554 TCCAACGG PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGCCGTTAAA+1798632917986336AT4G38430.1
 AtREG610CCGTTAAA PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGACGGTTTAT+1798635817986366AT4G38430.1
 AtREG652ACGGTTTA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG598 CGGTTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.