version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G38780.1

Summary of Gene (AT4G38780.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G38780  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G38780.1  
Description splicing factor, putative; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: nuclear mRNA splicing, via spliceosome; LOCATED IN: spliceosome; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mov34/MPN/PAD-1 (InterPro:IPR000555), Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 (InterPro:IPR012591), PRO, C-terminal (InterPro:IPR012984), PROCN (InterPro:IPR012592); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SUS2 (ABNORMAL SUSPENSOR 2) (TAIR:AT1G80070.1); Has 520 Blast hits to 458 proteins in 186 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 194; Fungi - 143; Plants - 29; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 152 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 18111979-18110780)

Genome position     
from initiation codon
AT4G38781.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G38780.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT4G38790.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G38780.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA18+18111370AT4G38790.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone+18111362AT4G38790.1
TSS cloneCclone+18111369AT4G38790.1
TSS cloneAclone+18111370AT4G38790.1
TSS cloneCclone+18111371AT4G38790.1
TSS cloneGclone+18111376AT4G38790.1
TSS cloneCclone+18111377AT4G38790.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTCTC+1811134218111349AT4G38790.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAACCGAAC+1811116418111171AT4G38790.1
 AtREG556AACCGAAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCATGGGCCTTTT+1811119518111206AT4G38790.1
 AtREG504CATGGGCC     PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354 ATGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353  TGGGCCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG359   GGGCCTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG459    GGCCTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTATGGGCCTAAT+1811122618111238AT4G38790.1
 AtREG394TTATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG364 TATGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354  ATGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358   TGGGCCTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG360    GGGCCTAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG506     GGCCTAAT PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.