PlantPromoterDB promoter information of AT4G38840

Summary of Gene (AT4G38840)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G38840 TAIR NCBI
Gene model	AT4G38840
Description	auxin-responsive protein, putative; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to auxin stimulus, response to cold; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Auxin responsive SAUR protein (InterPro:IPR003676); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin-responsive protein, putative (TAIR:AT2G21210.1); Has 674 Blast hits to 664 proteins in 22 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 673; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 18122573-18121374)

`Genome position from initiation codon` `AT4G38820.1 TSS from cDNA TSS information AT4G38840 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G38825.1 AT4G38830.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G38840

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 21 - 18125527 -54

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	21	-	18125527	-54

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 18125558 -85

TSS clone A clone - 18125524 -51

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	18125558	-85
TSS clone	`A`	clone	-	18125524	-51

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTATATATAC - 18125552 18125562 -79 -89

Y Patch CTCCTTTC - 18125534 18125541 -61 -68

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTATATATAC`	-	18125552	18125562	-79	-89
Y Patch	`CTCCTTTC`	-	18125534	18125541	-61	-68
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAGGGCCC - 18125674 18125681 -201 -208

AtREG387 TAGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAGGGCCC`		-	18125674	18125681	-201	-208
	AtREG387	`TAGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 18121525 AT4G38830.1, AT4G38825.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	18121525	AT4G38830.1, AT4G38825.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 18121526 AT4G38830.1, AT4G38825.1

TSS clone A clone + 18122326 AT4G38830.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	18121526	AT4G38830.1, AT4G38825.1
TSS clone	`A`	clone	+	18122326	AT4G38830.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTGTATATATATATT + 18121488 18121502 AT4G38825.1, AT4G38830.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTGTATATATATATT`	+	18121488	18121502	AT4G38825.1, AT4G38830.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GAAGCCCAC + 18121453 18121461 AT4G38825.1, AT4G38830.1

AtREG476 GAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518 AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY