PlantPromoterDB promoter information of AT4G38860.1

Summary of Gene (AT4G38860.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G38860 TAIR NCBI
Gene model	AT4G38860.1
Description	auxin-responsive protein, putative; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to auxin stimulus; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Auxin responsive SAUR protein (InterPro:IPR003676); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin-responsive protein, putative (TAIR:AT2G21220.1); Has 642 Blast hits to 633 proteins in 22 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 641; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 18120407-18121606)

`Genome position from initiation codon` `AT4G38825.1 TSS from cDNA TSS information AT4G38860.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G38820.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G38860.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 18130271 -86

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	18130271	-86

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 18130269 -88

TSS clone A clone + 18130272 -85

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	18130269	-88
TSS clone	`A`	clone	+	18130272	-85

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCCTC + 18130229 18130236 -128 -121

Y Patch CCTCTCTCTCAT + 18130258 18130269 -99 -88

Y Patch TTCTCCTC + 18130298 18130305 -59 -52

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCCTC`	+	18130229	18130236	-128	-121
Y Patch	`CCTCTCTCTCAT`	+	18130258	18130269	-99	-88
Y Patch	`TTCTCCTC`	+	18130298	18130305	-59	-52
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 18121525 AT4G38830.1, AT4G38825.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	18121525	AT4G38830.1, AT4G38825.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 18121526 AT4G38830.1, AT4G38825.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	18121526	AT4G38830.1, AT4G38825.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTGTATATATATATT + 18121488 18121502 AT4G38825.1, AT4G38830.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTGTATATATATATT`	+	18121488	18121502	AT4G38825.1, AT4G38830.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGTCCCAC + 18121250 18121257 AT4G38825.1, AT4G38830.1

AtREG406 GGTCCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG GAAGCCCAC + 18121453 18121461 AT4G38825.1, AT4G38830.1

AtREG476 GAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518 AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY