version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G38860.1

Summary of Gene (AT4G38860.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G38860  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G38860.1  
Description auxin-responsive protein, putative; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to auxin stimulus; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Auxin responsive SAUR protein (InterPro:IPR003676); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin-responsive protein, putative (TAIR:AT2G21220.1); Has 642 Blast hits to 633 proteins in 22 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 641; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 18124557-18125756)

Genome position     
from initiation codon
AT4G38830.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G38860.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT4G38840.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G38860.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA13+18130271-86

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+18130269-88
TSS cloneAclone+18130272-85

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCCTC+1813022918130236-128-121
Y PatchCCTCTCTCTCAT+1813025818130269-99-88
Y PatchTTCTCCTC+1813029818130305-59-52
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG21-18125527AT4G38840.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-18125558AT4G38840.1
TSS cloneAclone-18125524AT4G38840.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTCTATATATAC-1812555218125562AT4G38840.1
Y PatchCTCCTTTC-1812553418125541AT4G38840.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAGGGCCC-1812567418125681AT4G38840.1
 AtREG387TAGGGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.