PlantPromoterDB promoter information of AT4G38920.1

Summary of Gene (AT4G38920.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G38920 TAIR NCBI
Gene model	AT4G38920.1
Description	VACUOLAR-TYPE H(+)-ATPASE C3 (ATVHA-C3); FUNCTIONS IN: ATPase activity; INVOLVED IN: ATP synthesis coupled proton transport; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, F0/V0 complex, subunit C (InterPro:IPR002379), ATPase, V0 complex, proteolipid subunit C, eukaryotic (InterPro:IPR011555), ATPase, V0 complex, proteolipid subunit C (InterPro:IPR000245); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AVA-P1; ATPase/ proton-transporting ATPase, rotational mechanism (TAIR:AT4G34720.1); Has 1818 Blast hits to 1637 proteins in 400 species: Archae - 127; Bacteria - 312; Metazoa - 519; Fungi - 315; Plants - 225; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 320 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 18146330-18147529)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G38920.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G38910.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G38920.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 145 + 18147220 -110

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	145	+	18147220	-110

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 18147218 -112

TSS clone G clone + 18147220 -110

TSS clone G clone + 18147221 -109

TSS clone A clone + 18147222 -108

TSS clone A clone + 18147229 -101

TSS clone T clone + 18147236 -94

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	18147218	-112
TSS clone	`G`	clone	+	18147220	-110
TSS clone	`G`	clone	+	18147221	-109
TSS clone	`A`	clone	+	18147222	-108
TSS clone	`A`	clone	+	18147229	-101
TSS clone	`T`	clone	+	18147236	-94

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATACCCTT + 18146931 18146938 -399 -392

AtREG623 ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG TAGTGGGCCGTATGATGGGCCTAAG + 18147081 18147105 -249 -225

AtREG532 TAGTGGGC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG368    TGGGCCGT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG499     GGGCCGTA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG635             TGATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG403              GATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354               ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358                TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360                 GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG563                  GGCCTAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG GACCCGGG + 18147139 18147146 -191 -184

AtREG593 GACCCGGG PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATACCCTT`		+	18146931	18146938	-399	-392
	AtREG623	`ATACCCTT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`TAGTGGGCCGTATGATGGGCCTAAG`		+	18147081	18147105	-249	-225
	AtREG532	`TAGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG368	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG499	`GGGCCGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG635	`TGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG403	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG563	`GGCCTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GACCCGGG`		+	18147139	18147146	-191	-184
	AtREG593	`GACCCGGG`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None