PlantPromoterDB promoter information of AT4G39080.1

Summary of Gene (AT4G39080.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G39080 TAIR NCBI
Gene model	AT4G39080.1
Description	Vacuolar proton ATPase subunit VHA-a isoform 3. Localized in the tonoplast.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 18208513-18209712)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G39080.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G39080.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 20 + 18209401 -112

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	20	+	18209401	-112

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 18209402 -111

TSS clone G clone + 18209417 -96

TSS clone C clone + 18209420 -93

TSS clone T clone + 18209421 -92

TSS clone T clone + 18209423 -90

TSS clone T clone + 18209430 -83

TSS clone A clone + 18209432 -81

TSS clone T clone + 18209433 -80

TSS clone T clone + 18209436 -77

TSS clone A clone + 18209438 -75

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	18209402	-111
TSS clone	`G`	clone	+	18209417	-96
TSS clone	`C`	clone	+	18209420	-93
TSS clone	`T`	clone	+	18209421	-92
TSS clone	`T`	clone	+	18209423	-90
TSS clone	`T`	clone	+	18209430	-83
TSS clone	`A`	clone	+	18209432	-81
TSS clone	`T`	clone	+	18209433	-80
TSS clone	`T`	clone	+	18209436	-77
TSS clone	`A`	clone	+	18209438	-75

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCCTCC + 18209391 18209400 -122 -113

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCCTCC`	+	18209391	18209400	-122	-113
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CATGGGCCAATATTGGG + 18209175 18209191 -338 -322

AtREG504 CATGGGCC          PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490 ATGGGCCA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484   TGGGCCAA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446    GGGCCAAT       CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG509          ATATTGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCAATTA + 18209222 18209229 -291 -284

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACCGAACCA + 18209266 18209274 -247 -239

AtREG451 ACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG655 CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

REG GAAGCCCATTAAAAGCCCAATA + 18209280 18209301 -233 -212

AtREG476 GAAGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357    GCCCATTA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396     CCCATTAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG549          TAAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409           AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376            AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407             AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402              AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355               GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAGCCCAA + 18209325 18209332 -188 -181

AtREG533 GAGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AGGGGTAA + 18209334 18209341 -179 -172

AtREG642 AGGGGTAA PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CATGGGCCAATATTGGG`		+	18209175	18209191	-338	-322
	AtREG504	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG446	`GGGCCAAT`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG509	`ATATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCAATTA`		+	18209222	18209229	-291	-284
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACCGAACCA`		+	18209266	18209274	-247	-239
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GAAGCCCATTAAAAGCCCAATA`		+	18209280	18209301	-233	-212
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAGCCCAA`		+	18209325	18209332	-188	-181
	AtREG533	`GAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AGGGGTAA`		+	18209334	18209341	-179	-172
	AtREG642	`AGGGGTAA`		PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None