version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G39110.1

Summary of Gene (AT4G39110.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G39110  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G39110.1  
Description protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, core (InterPro:IPR000719), Serine/threonine protein kinase-related (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009), Serine/threonine protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein kinase family protein (TAIR:AT2G21480.1); Has 82854 Blast hits to 81980 proteins in 3066 species: Archae - 46; Bacteria - 7239; Metazoa - 36616; Fungi - 6399; Plants - 18619; Viruses - 343; Other Eukaryotes - 13592 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 18236519-18235320)

Genome position     
from initiation codon
AT4G39150.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G39110.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence






 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G39110.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8-18236064AT4G39150.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-18236064AT4G39150.1
TSS cloneCclone-18236049AT4G39150.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCTCC-1823607218236079AT4G39150.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACGTGGCT-1823613418236141AT4G39150.1
 AtREG450ACGTGGCTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
REGTAAAAGCCCAAAT-1823615618236168AT4G39150.1
 AtREG549TAAAAGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409 AAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469    AGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG421     GCCCAAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGAGCCCAATT-1823618918236198AT4G39150.1
 AtREG533GAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402 AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG418  GCCCAATT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGTGGGCCTAACGGGC-1823622518236239AT4G39150.1
 AtREG482GTGGGCCT        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358 TGGGCCTA       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG360  GGGCCTAA      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG535   GGCCTAAC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG399       TAACGGGC PPDB MotifACGGGC  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGCACCCCAC-1823627118236278AT4G39150.1
 AtREG618CACCCCAC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.