version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G39130.1

Summary of Gene (AT4G39130.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G39130  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G39130.1  
Description dehydrin family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to water, response to stress; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Dehydrin (InterPro:IPR000167); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: LEA (DEHYDRIN LEA) (TAIR:AT2G21490.1); Has 149 Blast hits to 134 proteins in 45 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 145; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 18218344-18217145)

Genome position     
from initiation codon
AT4G39090.1         
AT4G39100.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G39130.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence



 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G39130.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG281-18217335AT4G39090.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-18217481AT4G39090.1
TSS cloneAclone-18217392AT4G39090.1
TSS cloneCclone-18217384AT4G39090.1
TSS cloneAclone-18217381AT4G39090.1
TSS cloneAclone-18217344AT4G39090.1
TSS cloneCclone-18217341AT4G39090.1
TSS cloneAclone-18217339AT4G39090.1
TSS cloneAclone-18217338AT4G39090.1
TSS cloneTclone-18217337AT4G39090.1
TSS cloneGclone-18217335AT4G39090.1
TSS cloneCclone-18217334AT4G39090.1
TSS cloneAclone-18217333AT4G39090.1
TSS cloneAclone-18217332AT4G39090.1
TSS cloneAclone-18217331AT4G39090.1
TSS cloneAclone-18217328AT4G39090.1
TSS cloneAclone-18217327AT4G39090.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCCTTC-1821734518217352AT4G39090.1
Y PatchTCCTTCTCT-1821735418217362AT4G39090.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAACCGAA-1821746518217472AT4G39090.1
 AtREG568AAACCGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAACACGTGGT-1821761118217620AT4G39090.1
 AtREG590AACACGTG  ABA, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG382 ACACGTGG ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG544  CACGTGGTABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.