PlantPromoterDB promoter information of AT4G39240.1

Summary of Gene (AT4G39240.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G39240 TAIR NCBI
Gene model	AT4G39240.1
Description	kelch repeat-containing F-box family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin-like F-box (InterPro:IPR001810), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch repeat type 1 (InterPro:IPR006652), Kelch repeat type 2 (InterPro:IPR011498), Kelch related (InterPro:IPR013089), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: kelch repeat-containing F-box family protein (TAIR:AT4G14905.2); Has 1294 Blast hits to 1212 proteins in 90 species: Archae - 10; Bacteria - 44; Metazoa - 634; Fungi - 4; Plants - 571; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 24 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 18271726-18270527)

`Genome position from initiation codon` `AT4G39250.1 TSS from cDNA TSS information AT4G39240.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G39240.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 18270779 -53

TSS clone T clone - 18270768 -42

TSS clone peak A clone - 18270763 -37

TSS clone A clone - 18270755 -29

TSS clone G clone - 18270742 -16

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	18270779	-53
TSS clone	`T`	clone	-	18270768	-42
TSS clone peak	`A`	clone	-	18270763	-37
TSS clone	`A`	clone	-	18270755	-29
TSS clone	`G`	clone	-	18270742	-16

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAATTGGGCTTTA - 18270833 18270845 -107 -119

AtREG600 TAATTGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG418 AATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365      GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATATGGGCCTAAGCCCATCA - 18270892 18270911 -166 -185

AtREG432 ATATGGGC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG563      GGCCTAAG        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG634         CTAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426          TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378           AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG635             GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATATGGGCCTAAGCCCATTT - 18270990 18271009 -264 -283

AtREG432 ATATGGGC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG563      GGCCTAAG        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG634         CTAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426          TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378           AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372            AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386             GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCTTTA - 18271015 18271022 -289 -296

AtREG467 GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAATTGGGCTTTA`		-	18270833	18270845	-107	-119
	AtREG600	`TAATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATATGGGCCTAAGCCCATCA`		-	18270892	18270911	-166	-185
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG563	`GGCCTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG634	`CTAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG635	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATATGGGCCTAAGCCCATTT`		-	18270990	18271009	-264	-283
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG563	`GGCCTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG634	`CTAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCCTTTA`		-	18271015	18271022	-289	-296
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None