PlantPromoterDB promoter information of AT4G39630.1

Summary of Gene (AT4G39630.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G39630 TAIR NCBI
Gene model	AT4G39630.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; Has 11 Blast hits to 11 proteins in 4 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 11; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 18400263-18399064)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G39630.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G39640.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G39630.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 - 18399343 -80

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	-	18399343	-80

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCCTC - 18399355 18399362 -92 -99

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCCTC`	-	18399355	18399362	-92	-99
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCCATTTA - 18399412 18399420 -149 -157

AtREG386 GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443 CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGAGCCCATGGGCCGTA - 18399481 18399497 -218 -234

AtREG485 TGAGCCCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG591     CCCATGGG      PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG507    GCCCATGGGC     PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG504       CATGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380        ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368         TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG499          GGGCCGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GGGCTTTAT - 18399530 18399538 -267 -275

AtREG365 GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601 GGCTTTAT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCCATTTA`		-	18399412	18399420	-149	-157
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGAGCCCATGGGCCGTA`		-	18399481	18399497	-218	-234
	AtREG485	`TGAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG591	`CCCATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG507	`GCCCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG504	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG368	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG499	`GGGCCGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`GGGCTTTAT`		-	18399530	18399538	-267	-275
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 18399955 AT4G39640.1, AT4G39640.2

TSS clone peak T clone + 18399990 AT4G39640.1, AT4G39640.2

TSS clone A clone + 18400027 AT4G39640.1, AT4G39640.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	18399955	AT4G39640.1, AT4G39640.2
TSS clone peak	`T`	clone	+	18399990	AT4G39640.1, AT4G39640.2
TSS clone	`A`	clone	+	18400027	AT4G39640.1, AT4G39640.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None