PlantPromoterDB promoter information of AT4G39890.1

Summary of Gene (AT4G39890.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G39890 TAIR NCBI
Gene model	AT4G39890.1
Description	Arabidopsis Rab GTPase homolog H1c (AtRABH1c); FUNCTIONS IN: protein binding, GTP binding; INVOLVED IN: protein transport, small GTPase mediated signal transduction; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Rab6-related (InterPro:IPR015600); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATRABH1D (ARABIDOPSIS RAB GTPASE HOMOLOG H1D); GTP binding (TAIR:AT2G22290.1); Has 23210 Blast hits to 23184 proteins in 633 species: Archae - 15; Bacteria - 105; Metazoa - 12984; Fungi - 2714; Plants - 2201; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 5172 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 18503512-18504711)

`Genome position from initiation codon` `AT4G39870.1 AT4G39880.1 TSS from cDNA TSS information AT4G39890.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G39890.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 + 18505966 -146

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	+	18505966	-146

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 18505969 -143

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	18505969	-143

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTTCTTCT + 18506003 18506014 -109 -98

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTTCTTCT`	+	18506003	18506014	-109	-98
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGCGCTT + 18505894 18505901 -218 -211

AtREG492 ACGCGCTT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGCGCTT`		+	18505894	18505901	-218	-211
	AtREG492	`ACGCGCTT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 13 + 18504554 AT4G39880.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	13	+	18504554	AT4G39880.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 18504555 AT4G39880.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	18504555	AT4G39880.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTCGGCCCATTAAGGCCCATTAA + 18504468 18504490 AT4G39880.1

AtREG427 TTCGGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393 TCGGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT  GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA  GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396      CCCATTAA  CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604       CCATTAAG          PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG416          TTAAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351           TAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353            AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354             AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY