PlantPromoterDB promoter information of AT5G01260.1

Summary of Gene (AT5G01260.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G01260 TAIR NCBI
Gene model	AT5G01260.1
Description	glycoside hydrolase starch-binding domain-containing protein; FUNCTIONS IN: carbohydrate binding, catalytic activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Immunoglobulin-like fold (InterPro:IPR013783), Carbohydrate-binding-like fold (InterPro:IPR013784), Glycoside hydrolase, carbohydrate-binding (InterPro:IPR002044); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATGWD3; carbohydrate kinase/ catalytic/ phosphoglucan, water dikinase (TAIR:AT5G26570.2); Has 380 Blast hits to 376 proteins in 110 species: Archae - 0; Bacteria - 123; Metazoa - 18; Fungi - 81; Plants - 84; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 74 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 104367-105566)

`Genome position from initiation codon` `AT5G01260.2 TSS from cDNA TSS information AT5G01260.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G01260.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 105325 -42

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	105325	-42

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCTTCCC + 105313 105320 -54 -47

Y Patch CTCTTCTTCTTCT + 105346 105358 -21 -9

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCTTCCC`	+	105313	105320	-54	-47
Y Patch	`CTCTTCTTCTTCT`	+	105346	105358	-21	-9
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAGTCAA + 105040 105047 -327 -320

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TTGGCCCATGGGCTTTAA + 105071 105088 -296 -279

AtREG484 TTGGCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490 TGGCCCAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504   GGCCCATG         PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG591     CCCATGGG       PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG507    GCCCATGGGC      PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG378        ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376         TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365          GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545           GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG CACGTGGG + 105171 105178 -196 -189

AtREG464 CACGTGGG ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG TCGGACGG + 105194 105201 -173 -166

AtREG594 TCGGACGG PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTGCCACGTGGAC + 105263 105276 -104 -91

AtREG654 ATTGCCAC       PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG452 TTGCCACG      PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379   TGCCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367    GCCACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG408      CACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG513       ACGTGGAC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAGTCAA`		+	105040	105047	-327	-320
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`TTGGCCCATGGGCTTTAA`		+	105071	105088	-296	-279
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG591	`CCCATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG507	`GCCCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CACGTGGG`		+	105171	105178	-196	-189
	AtREG464	`CACGTGGG`	ABA, Auxin, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
REG	`TCGGACGG`		+	105194	105201	-173	-166
	AtREG594	`TCGGACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATTGCCACGTGGAC`		+	105263	105276	-104	-91
	AtREG654	`ATTGCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG452	`TTGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG379	`TGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG367	`GCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG408	`CACGTGGA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG513	`ACGTGGAC`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None