PlantPromoterDB promoter information of AT5G01510

Summary of Gene (AT5G01510)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G01510 TAIR NCBI
Gene model	AT5G01510
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF647 (InterPro:IPR006968); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RUS1 (ROOT UVB SENSITIVE 1) (TAIR:AT3G45890.1); Has 266 Blast hits to 266 proteins in 86 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 95; Fungi - 39; Plants - 94; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 36 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 200702-201901)

`Genome position from initiation codon` `AT5G01500.1 AT5G01510.1 TSS from cDNA TSS information AT5G01510 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G01510

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 201620 -82

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	201620	-82

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCTCCTCCTCC + 201635 201646 -67 -56

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCTCCTCCTCC`	+	201635	201646	-67	-56
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCCGTTA + 201364 201371 -338 -331

AtREG399 GCCCGTTA PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG ATAAACCGAATTTAACCGGGTT + 201521 201542 -181 -160

AtREG598 ATAAACCG               PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA              PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA             PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG645           TTTAACCG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501            TTAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG455              AACCGGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG516               ACCGGGTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCCGTTA`		+	201364	201371	-338	-331
	AtREG399	`GCCCGTTA`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`ATAAACCGAATTTAACCGGGTT`		+	201521	201542	-181	-160
	AtREG598	`ATAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`TTAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG455	`AACCGGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG516	`ACCGGGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None