PlantPromoterDB promoter information of AT5G01520

Summary of Gene (AT5G01520)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G01520 TAIR NCBI
Gene model	AT5G01520
Description	zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: protein binding, zinc ion binding; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type (InterPro:IPR013083); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein binding / zinc ion binding (TAIR:AT3G47160.1); Has 1238 Blast hits to 1237 proteins in 155 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 593; Fungi - 65; Plants - 210; Viruses - 109; Other Eukaryotes - 261 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 205797-206996)

`Genome position from initiation codon` `AT5G01520.1 AT5G01520.2 TSS from cDNA TSS information AT5G01520 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G01520

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 206432 -365

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	206432	-365

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 206432 -365

TSS clone T clone + 206433 -364

TSS clone C clone + 206436 -361

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	206432	-365
TSS clone	`T`	clone	+	206433	-364
TSS clone	`C`	clone	+	206436	-361

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGCCACGTGTCGT + 206151 206164 -646 -633

AtREG560 CCGCCACG       ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif GCCAC

AtREG371 CGCCACGT      ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367   GCCACGTG     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG382    CCACGTGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG366     CACGTGTC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG478      ACGTGTCG ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG428       CGTGTCGT ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG CGTGTCAC + 206284 206291 -513 -506

AtREG498 CGTGTCAC ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG GGGCTTTAT + 206363 206371 -434 -426

AtREG365 GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601 GGCTTTAT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGCCACGTGTCGT`		+	206151	206164	-646	-633
	AtREG560	`CCGCCACG`	ABA	PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG371	`CGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG367	`GCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG382	`CCACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG366	`CACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG478	`ACGTGTCG`	ABA, DREB1Aox, Drought	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG428	`CGTGTCGT`	ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CGTGTCAC`		+	206284	206291	-513	-506
	AtREG498	`CGTGTCAC`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGGCTTTAT`		+	206363	206371	-434	-426
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None