PlantPromoterDB promoter information of AT5G02230

Summary of Gene (AT5G02230)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G02230 TAIR NCBI
Gene model	AT5G02230
Description	haloacid dehalogenase-like hydrolase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haloacid dehalogenase-like hydrolase (InterPro:IPR005834), Pyrimidine 5-nucleotidase (InterPro:IPR010237), HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3 (InterPro:IPR006402); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: haloacid dehalogenase-like hydrolase family protein (TAIR:AT5G59490.1); Has 1779 Blast hits to 1779 proteins in 310 species: Archae - 10; Bacteria - 433; Metazoa - 0; Fungi - 93; Plants - 108; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1135 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 448132-449331)

`Genome position from initiation codon` `AT5G02230.1 AT5G02230.2 TSS from cDNA TSS information AT5G02230 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G02230

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 17 + 448143 -989

TSS peak A 4 + 448991 -141

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	17	+	448143	-989
TSS peak	`A`	4	+	448991	-141

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 448134 -998

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	448134	-998

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTGCTATAAAAA + 448100 448111 -1032 -1021

Y Patch CCTCCTCT + 448114 448121 -1018 -1011

Y Patch CCTCTCTC + 448123 448130 -1009 -1002

Y Patch CCTTCTCTTTCTCT + 448146 448159 -986 -973

Y Patch CTCTTCCTCTCTCT + 448172 448185 -960 -947

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTGCTATAAAAA`	+	448100	448111	-1032	-1021
Y Patch	`CCTCCTCT`	+	448114	448121	-1018	-1011
Y Patch	`CCTCTCTC`	+	448123	448130	-1009	-1002
Y Patch	`CCTTCTCTTTCTCT`	+	448146	448159	-986	-973
Y Patch	`CTCTTCCTCTCTCT`	+	448172	448185	-960	-947
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TACACGTGTT + 448752 448761 -380 -371

AtREG453 TACACGTG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG590 CACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TACACGTGTT`		+	448752	448761	-380	-371
	AtREG453	`TACACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
	AtREG590	`CACGTGTT`	ABA, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None