PlantPromoterDB promoter information of AT5G02610.1

Summary of Gene (AT5G02610.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G02610 TAIR NCBI
Gene model	AT5G02610.1
Description	60S ribosomal protein L35 (RPL35D); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, ribosome, plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L29 (InterPro:IPR001854), Ribosomal protein L29, conserved site (InterPro:IPR018254); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L35 (RPL35A) (TAIR:AT3G09500.1); Has 840 Blast hits to 840 proteins in 308 species: Archae - 109; Bacteria - 145; Metazoa - 237; Fungi - 93; Plants - 90; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 166 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 586611-587810)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G02610.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G02600.1 AT5G02600.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G02610.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 60 + 587562 -49

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	60	+	587562	-49

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 587525 -86

TSS clone T clone + 587543 -68

TSS clone T clone + 587560 -51

TSS clone G clone + 587563 -48

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	587525	-86
TSS clone	`T`	clone	+	587543	-68
TSS clone	`T`	clone	+	587560	-51
TSS clone	`G`	clone	+	587563	-48

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GTATAAATT + 587528 587536 -83 -75

Y Patch TTTCTTCTTC + 587536 587545 -75 -66

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GTATAAATT`	+	587528	587536	-83	-75
Y Patch	`TTTCTTCTTC`	+	587536	587545	-75	-66
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCAATTA + 587398 587405 -213 -206

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAAAGCCCAT + 587419 587429 -192 -182

AtREG589 AAAAAGCC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CTATTGGGCTATT + 587445 587457 -166 -154

AtREG624 CTATTGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG584      GGGCTATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACGGCCCATTAT + 587460 587471 -151 -140

AtREG368 ACGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380 CGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361   GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357    GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG546     CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCAATTA`		+	587398	587405	-213	-206
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAAAGCCCAT`		+	587419	587429	-192	-182
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`CTATTGGGCTATT`		+	587445	587457	-166	-154
	AtREG624	`CTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG584	`GGGCTATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACGGCCCATTAT`		+	587460	587471	-151	-140
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG546	`CCCATTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 586897 AT5G02600.2, AT5G02600.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	586897	AT5G02600.2, AT5G02600.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None