PlantPromoterDB promoter information of AT5G02770.1

Summary of Gene (AT5G02770.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G02770 TAIR NCBI
Gene model	AT5G02770.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; Has 367 Blast hits to 255 proteins in 95 species: Archae - 0; Bacteria - 48; Metazoa - 197; Fungi - 19; Plants - 22; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 81 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 630168-628969)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G02770.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G02770.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 629255 -87

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	629255	-87

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 629276 -108

TSS clone T clone - 629256 -88

TSS clone A clone - 629255 -87

TSS clone T clone - 629245 -77

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	629276	-108
TSS clone	`T`	clone	-	629256	-88
TSS clone	`A`	clone	-	629255	-87
TSS clone	`T`	clone	-	629245	-77

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGGCCCATAA - 629335 629345 -167 -177

AtREG457 CCGGCCCA    CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380 CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364   GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394    GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCCGGGCTATT - 629438 629454 -270 -286

AtREG421 ATTTGGGC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414   TTGGGCCG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG457    TGGGCCGG       CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG404     GGGCCGGG      CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG584          GGGCTATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGATGTCGTTTT - 629462 629473 -294 -305

AtREG630 CGATGTCG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569    TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520     GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG GTCACGTGGT - 629511 629520 -343 -352

AtREG583 GTCACGTG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG544   CACGTGGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGGCCCATAA`		-	629335	629345	-167	-177
	AtREG457	`CCGGCCCA`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCGGGCTATT`		-	629438	629454	-270	-286
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG457	`TGGGCCGG`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG404	`GGGCCGGG`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG584	`GGGCTATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGATGTCGTTTT`		-	629462	629473	-294	-305
	AtREG630	`CGATGTCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTCACGTGGT`		-	629511	629520	-343	-352
	AtREG583	`GTCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG544	`CACGTGGT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None