PlantPromoterDB promoter information of AT5G03350

Summary of Gene (AT5G03350)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G03350 TAIR NCBI
Gene model	AT5G03350
Description	legume lectin family protein; FUNCTIONS IN: carbohydrate binding, sugar binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: apoplast, cell wall, chloroplast; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Legume lectin, beta domain (InterPro:IPR001220), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), L-type lectin, plant (InterPro:IPR016363); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: legume lectin family protein (TAIR:AT3G16530.1); Has 1336 Blast hits to 1325 proteins in 103 species: Archae - 0; Bacteria - 13; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1316; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 817628-816429)

`Genome position from initiation codon` `AT5G03350.1 TSS from cDNA TSS information AT5G03350 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G03350

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 816665 -37

TSS clone peak A clone - 816653 -25

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	816665	-37
TSS clone peak	`A`	clone	-	816653	-25

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATGGGCTTAT - 816711 816720 -83 -92

AtREG378 ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426 TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462   GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTCACGCGTTT - 816895 816905 -267 -277

AtREG631 TTCACGCG    Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG633    ACGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATGGGCTTAT`		-	816711	816720	-83	-92
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTCACGCGTTT`		-	816895	816905	-267	-277
	AtREG631	`TTCACGCG`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG633	`ACGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGCTTTAA + 817578 817585 AT5G03360.1

AtREG545 GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG TATGGCCCATG + 817587 817597 AT5G03360.1

AtREG479 TATGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG437 ATGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   TGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504    GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GTGGCCCACA + 817605 817614 AT5G03360.1

AtREG445 GTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG612   GGCCCACA DREB1Aox PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY