PlantPromoterDB promoter information of AT5G03540.1

Summary of Gene (AT5G03540.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G03540 TAIR NCBI
Gene model	AT5G03540.1
Description	AtEXO70A1 is a member of EXO70 gene family, putative exocyst subunits, conserved in land plants. Arabidopsis thaliana contains 23 putative EXO70 genes, which can be classified into nine clusters on the phylogenetic tree

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 882906-884105)

`Genome position from initiation codon` `AT5G03520.1 AT5G03520.2 TSS from cDNA TSS information AT5G03540.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G03540.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 + 889525 -81

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	+	889525	-81

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTCTTTCT + 889527 889539 -79 -67

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTCTTTCT`	+	889527	889539	-79	-67
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGAACCGGC + 889470 889479 -136 -127

AtREG640 TTGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480 TGAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG637 GAACCGGC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGAACCGGC`		+	889470	889479	-136	-127
	AtREG640	`TTGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`TGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG637	`GAACCGGC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 13 + 883522 AT5G03520.1, AT5G03520.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	13	+	883522	AT5G03520.1, AT5G03520.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 883507 AT5G03520.1, AT5G03520.2

TSS clone G clone + 883508 AT5G03520.1, AT5G03520.2

TSS clone C clone + 883531 AT5G03520.1, AT5G03520.2

TSS clone T clone + 883533 AT5G03520.1, AT5G03520.2

TSS clone A clone + 883573 AT5G03520.1, AT5G03520.2

TSS clone G clone + 883614 AT5G03520.1, AT5G03520.2

TSS clone A clone + 883676 AT5G03520.1, AT5G03520.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	883507	AT5G03520.1, AT5G03520.2
TSS clone	`G`	clone	+	883508	AT5G03520.1, AT5G03520.2
TSS clone	`C`	clone	+	883531	AT5G03520.1, AT5G03520.2
TSS clone	`T`	clone	+	883533	AT5G03520.1, AT5G03520.2
TSS clone	`A`	clone	+	883573	AT5G03520.1, AT5G03520.2
TSS clone	`G`	clone	+	883614	AT5G03520.1, AT5G03520.2
TSS clone	`A`	clone	+	883676	AT5G03520.1, AT5G03520.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTAAACCGGAT + 883349 883359 AT5G03520.1, AT5G03520.2

AtREG519 GTAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521   AAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561    AACCGGAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif