PlantPromoterDB promoter information of AT5G03560.1

Summary of Gene (AT5G03560.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G03560 TAIR NCBI
Gene model	AT5G03560.1
Description	nucleobase:cation symporter; FUNCTIONS IN: nucleobase:cation symporter activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein (TAIR:AT4G38150.2).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 903719-902520)

`Genome position from initiation codon` `AT5G03560.2 TSS from cDNA TSS information AT5G03560.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G03560.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 902741 -22

TSS clone peak C clone - 902734 -15

TSS clone T clone - 902731 -12

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	902741	-22
TSS clone peak	`C`	clone	-	902734	-15
TSS clone	`T`	clone	-	902731	-12

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTCCC - 902732 902740 -13 -21

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTCCC`	-	902732	902740	-13	-21
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACGCGTAAACGGCGCGT - 902796 902814 -77 -95

AtREG633 AAACGCGT            PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG613        TAAACGGC     PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG524         AAACGGCG    PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG538            CGGCGCGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG AAAACGGCA - 902824 902832 -105 -113

AtREG531 AAAACGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG500 AAACGGCA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TAAACGGCACG - 902853 902863 -134 -144

AtREG613 TAAACGGC    PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG500 AAACGGCA   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG522    ACGGCACG PPDB Motif PLACE Motif

REG GACCCGAA - 902867 902874 -148 -155

AtREG597 GACCCGAA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG TATATGGGCCGAA - 902878 902890 -159 -171

AtREG620 TATATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380    ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393     TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG427      GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TAAATGGGCTA - 902893 902903 -174 -184

AtREG443 TAAATGGG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581    ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATCCACGT - 902917 902924 -198 -205

AtREG547 ATCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CTAATGGG - 902973 902980 -254 -261

AtREG558 CTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACGCGTAAACGGCGCGT`		-	902796	902814	-77	-95
	AtREG633	`AAACGCGT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG613	`TAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG524	`AAACGGCG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG538	`CGGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`AAAACGGCA`		-	902824	902832	-105	-113
	AtREG531	`AAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG500	`AAACGGCA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TAAACGGCACG`		-	902853	902863	-134	-144
	AtREG613	`TAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG500	`AAACGGCA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG522	`ACGGCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GACCCGAA`		-	902867	902874	-148	-155
	AtREG597	`GACCCGAA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`TATATGGGCCGAA`		-	902878	902890	-159	-171
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG427	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TAAATGGGCTA`		-	902893	902903	-174	-184
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`ATGGGCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ATCCACGT`		-	902917	902924	-198	-205
	AtREG547	`ATCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`CTAATGGG`		-	902973	902980	-254	-261
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 13 + 903708 AT5G03570.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	13	+	903708	AT5G03570.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAACGACGA + 903577 903586 AT5G03570.1

AtREG565 TAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG648 AACGACGA PPDB Motif PLACE Motif