PlantPromoterDB promoter information of AT5G03830.1

Summary of Gene (AT5G03830.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G03830 TAIR NCBI
Gene model	AT5G03830.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: p21Cip1-binding protein-related (TAIR:AT2G44510.1); Has 225 Blast hits to 225 proteins in 104 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 94; Fungi - 68; Plants - 27; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 36 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1017666-1018865)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G03830.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G03830.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 1018398 -268

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	1018398	-268

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 1018370 -296

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	1018370	-296

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCTC + 1018376 1018383 -290 -283

Y Patch TTCTCTCTT + 1018406 1018414 -260 -252

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCTC`	+	1018376	1018383	-290	-283
Y Patch	`TTCTCTCTT`	+	1018406	1018414	-260	-252
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTCCGGTTCAGGCCCCAATTGGG + 1018217 1018240 -449 -426

AtREG644 TTTCCGGT                 PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534 TTCCGGTT                PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579   TCCGGTTC               PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480    CCGGTTCA              PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG374         TCAGGCCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG647               CCCAATTGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG AGTGGGCTTTG + 1018244 1018254 -422 -412

AtREG510 AGTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518 GTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376   TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG559    GGGCTTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCGAACCGA + 1018290 1018298 -376 -368

AtREG456 CCGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575 CGAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTCGGTTT + 1018348 1018355 -318 -311

AtREG568 TTCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTCCGGTTCAGGCCCCAATTGGG`		+	1018217	1018240	-449	-426
	AtREG644	`TTTCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`TTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`TCCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`CCGGTTCA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG374	`TCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG647	`CCCAATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGTGGGCTTTG`		+	1018244	1018254	-422	-412
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG559	`GGGCTTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCGAACCGA`		+	1018290	1018298	-376	-368
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG575	`CGAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTCGGTTT`		+	1018348	1018355	-318	-311
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None