PlantPromoterDB promoter information of AT5G04130.1

Summary of Gene (AT5G04130.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G04130 TAIR NCBI
Gene model	AT5G04130.1
Description	DNA topoisomerase, ATP-hydrolyzing, putative / DNA topoisomerase II, putative / DNA gyrase, putative; FUNCTIONS IN: DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity, DNA binding, ATP binding; INVOLVED IN: DNA topological change, DNA metabolic process; LOCATED IN: mitochondrion; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA topoisomerase, type IIA, conserved site (InterPro:IPR018522), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, region 2 (InterPro:IPR013506), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B (InterPro:IPR000565), ATP-binding region, ATPase-like (InterPro:IPR003594), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal (InterPro:IPR002288), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B or N-terminal (InterPro:IPR001241), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B or N-terminal, alpha-beta (InterPro:IPR013759), TOPRIM (InterPro:IPR006171), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR014721), DNA topoisomerase, type IIA, central (InterPro:IPR013760); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATP binding / DNA binding / DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) (TAIR:AT3G10270.1); Has 23506 Blast hits to 21729 proteins in 4482 species: Archae - 75; Bacteria - 14076; Metazoa - 167; Fungi - 179; Plants - 62; Viruses - 72; Other Eukaryotes - 8875 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1129031-1127832)

`Genome position from initiation codon` `AT5G04130.2 TSS from cDNA TSS information AT5G04130.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G04130.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 1128091 -60

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	1128091	-60

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 1128091 -60

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	1128091	-60

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACGGCG - 1128221 1128228 -190 -197

AtREG524 AAACGGCG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TGTTGGGCTTTG - 1128230 1128241 -199 -210

AtREG543 TGTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

AtREG574 GTTGGGCT    PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG559     GGGCTTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAAGCCCATAT - 1128258 1128269 -227 -238

AtREG462 ATAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477    AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432     GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCTTTTA - 1128274 1128286 -243 -255

AtREG421 ATTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549      GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTATTGGGCT - 1128301 1128310 -270 -279

AtREG624 CTATTGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACGGCG`		-	1128221	1128228	-190	-197
	AtREG524	`AAACGGCG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TGTTGGGCTTTG`		-	1128230	1128241	-199	-210
	AtREG543	`TGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
	AtREG574	`GTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG559	`GGGCTTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATAAGCCCATAT`		-	1128258	1128269	-227	-238
	AtREG462	`ATAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCTTTTA`		-	1128274	1128286	-243	-255
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTATTGGGCT`		-	1128301	1128310	-270	-279
	AtREG624	`CTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None