PlantPromoterDB promoter information of AT5G04170.1

Summary of Gene (AT5G04170.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G04170 TAIR NCBI
Gene model	AT5G04170.1
Description	calcium-binding EF hand family protein; FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-HAND 1 (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-Hand type (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF hand (InterPro:IPR018248); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calcium-binding EF hand family protein (TAIR:AT3G10300.3); Has 32062 Blast hits to 17618 proteins in 833 species: Archae - 4; Bacteria - 3047; Metazoa - 14595; Fungi - 4725; Plants - 3524; Viruses - 254; Other Eukaryotes - 5913 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1144579-1145778)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G04170.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G04160.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G04170.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 1145455 -124

TSS peak G 2 + 1145491 -88

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	1145455	-124
TSS peak	`G`	2	+	1145491	-88

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 1145482 -97

TSS clone T clone + 1145484 -95

TSS clone G clone + 1145538 -41

TSS clone T clone + 1145553 -26

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	1145482	-97
TSS clone	`T`	clone	+	1145484	-95
TSS clone	`G`	clone	+	1145538	-41
TSS clone	`T`	clone	+	1145553	-26

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTC + 1145480 1145487 -99 -92

Y Patch TCTCTCTTC + 1145526 1145534 -53 -45

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTC`	+	1145480	1145487	-99	-92
Y Patch	`TCTCTCTTC`	+	1145526	1145534	-53	-45
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAACCGAAC + 1145311 1145321 -268 -258

AtREG473 TTAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556    AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAACCGAAC`		+	1145311	1145321	-268	-258
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 1144966 AT5G04160.1

TSS clone peak T clone - 1144911 AT5G04160.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	1144966	AT5G04160.1
TSS clone peak	`T`	clone	-	1144911	AT5G04160.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTCTC - 1144873 1144880 AT5G04160.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTCTC`	-	1144873	1144880	AT5G04160.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCGTCGTT - 1145057 1145064 AT5G04160.1

AtREG648 TCGTCGTT PPDB Motif PLACE Motif