version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G04710.1

Summary of Gene (AT5G04710.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G04710  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G04710.1  
Description aspartyl aminopeptidase, putative; FUNCTIONS IN: aminopeptidase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: chloroplast, vacuole; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M18, aminopeptidase I (InterPro:IPR001948); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: aspartyl aminopeptidase, putative (TAIR:AT5G60160.1); Has 1276 Blast hits to 1273 proteins in 389 species: Archae - 1; Bacteria - 687; Metazoa - 123; Fungi - 173; Plants - 40; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 252 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1361128-1359929)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G04710.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence









 
AT5G04720.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G04710.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakC5-1360213-85

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-1360228-100

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCATGGGCCAT-13603061360315-178-187
 AtREG504CATGGGCC   PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG490 ATGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG437  TGGGCCAT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGTAGCCCATATA-13603211360331-193-203
 AtREG581TAGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG477 AGCCCATA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG432  GCCCATAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG620   CCCATATA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCATGGGCCCAAAGCCCATA-13603441360362-216-234
 AtREG504CATGGGCC            PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG391 ATGGGCCC           PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG422  TGGGCCCA          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG392   GGGCCCAA         PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG373    GGCCCAAA        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG559        CAAAGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376         AAAGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378          AAGCCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG477           AGCCCATA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGACACGCGT-13604421360449-314-321
 AtREG536ACACGCGTABA, Drought PPDB Motif  PLACE MotifACACNNG 
REGAGACACGTC-13604541360462-326-334
 AtREG470AGACACGT ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG481 GACACGTCABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
REGATAAGGCCCAATA-13604681360480-340-352
 AtREG425ATAAGGCC      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG351 TAAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353  AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352    GGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355     GCCCAATA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATAAGGCCCAAG-13605001360511-372-383
 AtREG425ATAAGGCC     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG351 TAAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353  AAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG505    GGCCCAAG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG21+1360678AT5G04720.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone+1360670AT5G04720.1
TSS cloneTclone+1360672AT5G04720.1
TSS cloneTclone+1360679AT5G04720.1
TSS cloneCclone+1360682AT5G04720.1
TSS cloneCclone+1360687AT5G04720.1
TSS cloneAclone+1360712AT5G04720.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTTCCT+13606871360694AT5G04720.1
Y PatchTTTCTTCTCTCC+13607001360711AT5G04720.1
Y PatchTCTCTCTCTC+13607171360726AT5G04720.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACGCGTGT+13604421360449AT5G04720.1
 AtREG536ACGCGTGTABA, Drought PPDB Motif  PLACE MotifACACNNG 
REGGACGTGTCT+13604541360462AT5G04720.1
 AtREG481GACGTGTC ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG470 ACGTGTCTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
REGTATTGGGCCTTAT+13604681360480AT5G04720.1
 AtREG355TATTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352 ATTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  TTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353   TGGGCCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG351    GGGCCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG425     GGCCTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCTTGGGCCTTAT+13605001360511AT5G04720.1
 AtREG505CTTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356 TTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353  TGGGCCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG351   GGGCCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG425    GGCCTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTATTGGG+13605651360572AT5G04720.1
 AtREG417TTATTGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTAATGGG+13606151360622AT5G04720.1
 AtREG396TTAATGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.