PlantPromoterDB promoter information of AT5G05210.2

Summary of Gene (AT5G05210.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G05210 TAIR NCBI
Gene model	AT5G05210.2
Description	nucleolar matrix protein-related; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Surfeit locus 6 (InterPro:IPR007019); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nucleolar matrix protein-related (TAIR:AT2G27750.1); Has 28916 Blast hits to 17867 proteins in 915 species: Archae - 105; Bacteria - 2236; Metazoa - 12711; Fungi - 2263; Plants - 727; Viruses - 134; Other Eukaryotes - 10740 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1547398-1548597)

`Genome position from initiation codon` `AT5G05210.1 TSS from cDNA TSS information AT5G05210.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G05210.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 1547440 -958

TSS peak G 2 + 1547442 -956

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	1547440	-958
TSS peak	`G`	2	+	1547442	-956

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 1547442 -956

TSS clone G clone + 1547443 -955

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	1547442	-956
TSS clone	`G`	clone	+	1547443	-955

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTC + 1547458 1547465 -940 -933

Y Patch TTTCTTCTCTC + 1547473 1547483 -925 -915

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTC`	+	1547458	1547465	-940	-933
Y Patch	`TTTCTTCTCTC`	+	1547473	1547483	-925	-915
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAAAACGC + 1547141 1547148 -1257 -1250

AtREG585 CAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

REG ATGCCACGTGGAA + 1547217 1547229 -1181 -1169

AtREG448 ATGCCACG      ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367   GCCACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG408     CACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG627      ACGTGGAA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TTTCCGGTTAA + 1547299 1547309 -1099 -1089

AtREG644 TTTCCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534 TTCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG621   TCCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501    CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG CCCATTAAACCGAACCG + 1547322 1547338 -1076 -1060

AtREG396 CCCATTAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG473     TTAAACCG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514      TAAACCGA     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568       AAACCGAA    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556        AACCGAAC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451         ACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456          CCGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TAACGCGGTT + 1547368 1547377 -1030 -1021

AtREG488 TAACGCGG   SA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG441   ACGCGGTT Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG AAATACCCTTA + 1547384 1547394 -1014 -1004

AtREG602 AAATACCC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG567 AATACCCT   PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG623   ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG570    TACCCTTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAAAACGC`		+	1547141	1547148	-1257	-1250
	AtREG585	`CAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`
REG	`ATGCCACGTGGAA`		+	1547217	1547229	-1181	-1169
	AtREG448	`ATGCCACG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG379	`TGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG367	`GCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG408	`CACGTGGA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG627	`ACGTGGAA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TTTCCGGTTAA`		+	1547299	1547309	-1099	-1089
	AtREG644	`TTTCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`TTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG621	`TCCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`CCGGTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`CCCATTAAACCGAACCG`		+	1547322	1547338	-1076	-1060
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TAACGCGGTT`		+	1547368	1547377	-1030	-1021
	AtREG488	`TAACGCGG`	SA	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG441	`ACGCGGTT`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAATACCCTTA`		+	1547384	1547394	-1014	-1004
	AtREG602	`AAATACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG567	`AATACCCT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG623	`ATACCCTT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG570	`TACCCTTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None