PlantPromoterDB promoter information of AT5G05380.1

Summary of Gene (AT5G05380.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G05380 TAIR NCBI
Gene model	AT5G05380.1
Description	PRENYLATED RAB ACCEPTOR 1.B3 (PRA1.B3); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: vesicle-mediated transport; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Prenylated rab acceptor PRA1 (InterPro:IPR004895); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PRA1.B1 (PRENYLATED RAB ACCEPTOR 1.B1) (TAIR:AT3G56110.1); Has 371 Blast hits to 371 proteins in 101 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 104; Fungi - 59; Plants - 178; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 30 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1591214-1592413)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G05380.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G05370.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G05380.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 1592131 -83

TSS clone peak A clone + 1592150 -64

TSS clone A clone + 1592151 -63

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	1592131	-83
TSS clone peak	`A`	clone	+	1592150	-64
TSS clone	`A`	clone	+	1592151	-63

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCTTC + 1592181 1592188 -33 -26

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCTTC`	+	1592181	1592188	-33	-26
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAAAACGCTGCCGTTTA + 1591948 1591964 -266 -250

AtREG585 CAAAACGC          PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

AtREG626   AAACGCTG        PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG500         TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG613          GCCGTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG GGCTTTTA + 1591973 1591980 -241 -234

AtREG549 GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAGCCCAATG + 1591994 1592004 -220 -210

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG461    GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATATGGGCCTTTT + 1592011 1592023 -203 -191

AtREG432 ATATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359     GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459      GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATCCACGTGGAC + 1592042 1592053 -172 -161

AtREG547 ATCCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG408 TCCACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG513     ACGTGGAC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAAAACGCTGCCGTTTA`		+	1591948	1591964	-266	-250
	AtREG585	`CAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`
	AtREG626	`AAACGCTG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG500	`TGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG613	`GCCGTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`GGCTTTTA`		+	1591973	1591980	-241	-234
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAGCCCAATG`		+	1591994	1592004	-220	-210
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATATGGGCCTTTT`		+	1592011	1592023	-203	-191
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATCCACGTGGAC`		+	1592042	1592053	-172	-161
	AtREG547	`ATCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG408	`TCCACGTGGA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG513	`ACGTGGAC`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 33 - 1591903 AT5G05370.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	33	-	1591903	AT5G05370.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAACGGCAGCGTTTTG - 1591948 1591964 AT5G05370.1

AtREG613 TAAACGGC          PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG500 AAACGGCA         PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG626        CAGCGTTT   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG585          GCGTTTTG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

REG TAAAAGCC - 1591973 1591980 AT5G05370.1

AtREG549 TAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG CATTGGGCTTA - 1591994 1592004 AT5G05370.1

AtREG461 CATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402 ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAAAGGCCCATAT - 1592011 1592023 AT5G05370.1

AtREG459 AAAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364     GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432      GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTCCACGTGGAT - 1592042 1592053 AT5G05370.1

AtREG513 GTCCACGT     ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG408 TCCACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG547     ACGTGGAT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TTAAAGGCCCGT - 1592161 1592172 AT5G05370.1

AtREG639 TTAAAGGC     PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467 TAAAGGCC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359   AAAGGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG429     AGGCCCGT PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif GGGCC

REG GGCGCGTG - 1592175 1592182 AT5G05370.1

AtREG486 GGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif