PlantPromoterDB promoter information of AT5G05600

Summary of Gene (AT5G05600)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G05600 TAIR NCBI
Gene model	AT5G05600
Description	oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family protein; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, iron ion binding; INVOLVED IN: response to salt stress; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isopenicillin N synthase (InterPro:IPR002283), 2OG-Fe(II) oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family protein (TAIR:AT3G11180.1); Has 6078 Blast hits to 6039 proteins in 692 species: Archae - 0; Bacteria - 730; Metazoa - 123; Fungi - 674; Plants - 3117; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1434 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1678066-1679265)

`Genome position from initiation codon` `AT5G05620.1 TSS from cDNA TSS information AT5G05600 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G05610.1 AT5G05610.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G05600

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 1672194 -72

TSS clone peak T clone + 1672196 -70

TSS clone A clone + 1672249 -17

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	1672194	-72
TSS clone peak	`T`	clone	+	1672196	-70
TSS clone	`A`	clone	+	1672249	-17

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTTTATATA + 1672210 1672219 -56 -47

Y Patch CCTCTTCTT + 1672205 1672213 -61 -53

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTTTATATA`	+	1672210	1672219	-56	-47
Y Patch	`CCTCTTCTT`	+	1672205	1672213	-61	-53
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCACACGT + 1672075 1672082 -191 -184

AtREG588 TCACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCACACGT`		+	1672075	1672082	-191	-184
	AtREG588	`TCACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 1679073 AT5G05610.1, AT5G05610.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	1679073	AT5G05610.1, AT5G05610.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 1679089 AT5G05610.1, AT5G05610.2

TSS clone T clone - 1679076 AT5G05610.1, AT5G05610.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	1679089	AT5G05610.1, AT5G05610.2
TSS clone	`T`	clone	-	1679076	AT5G05610.1, AT5G05610.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTT - 1679078 1679085 AT5G05610.1, AT5G05610.2

Y Patch TCTCTCTCT - 1679087 1679095 AT5G05610.1, AT5G05610.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTT`	-	1679078	1679085	AT5G05610.1, AT5G05610.2
Y Patch	`TCTCTCTCT`	-	1679087	1679095	AT5G05610.1, AT5G05610.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GATGGGCCATGGGCCAGGCCCATTT - 1679159 1679183 AT5G05610.1, AT5G05610.2

AtREG403 GATGGGCC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490 ATGGGCCATGGGCCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG437   TGGGCCAT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG507       CCATGGGC            PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG504        CATGGGCC           PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG619              CCAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370               CAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354                AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361                 GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386                  GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACGTCGTTTT - 1679199 1679208 AT5G05610.1, AT5G05610.2

AtREG493 ACGTCGTT   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG415 CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520   GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAAAGCC - 1679258 1679265 AT5G05610.1, AT5G05610.2

AtREG545 TTAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif