version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G05740.1

Summary of Gene (AT5G05740.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G05740  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G05740.1  
Description S2P-like putative metalloprotease, also contain transmembrane helices near their C-termini and many of them, five of seven, contain a conserved zinc-binding motif HEXXH. Homolog of EGY1. Each of the EGY1 and EGY-like proteins share two additional highly conserved motifs, the previously reported NPDG motif (aa 442–454 in EGY1, Rudner et al., 1999) and a newly defined GNLR motif (aa 171–179 in EGY1). The GNLR motif is a novel signature motif unique to EGY1 and EGY-like proteins as well as other EGY1 orthologs found in cyanobacteria.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1727859-1726660)

Genome position     
from initiation codon
AT5G05740.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G05740.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence






 
AT5G05750.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G05740.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA17-1727014-155

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-1727013-154
TSS cloneCclone-1727004-145

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCCTCTCTCCTCC-17270211727033-162-174
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAAACGACGA-17270781727087-219-228
 AtREG520AAAACGAC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415 AAACGACG  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG648  AACGACGA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACGTGTCGTTT-17271281727138-269-279
 AtREG478ACGTGTCG   ABA, DREB1Aox, Drought PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG428 CGTGTCGT  ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG527  GTGTCGTT DREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569   TGTCGTTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTAAGGCCCAAAT-17271571727169-298-310
 AtREG416TTAAGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG351 TAAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353  AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG373    GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG421     GCCCAAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTCAGGCCC-17272391727246-380-387
 AtREG374TCAGGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGGGGCTTTG-17272581727265-399-406
 AtREG559GGGCTTTG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakT10+1727435AT5G05750.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+1727429AT5G05750.1
TSS cloneAclone+1727432AT5G05750.1
TSS cloneTclone+1727437AT5G05750.1
TSS cloneGclone+1727449AT5G05750.1
TSS cloneGclone+1727458AT5G05750.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATTTGGGCCTTAA+17271571727169AT5G05750.1
 AtREG421ATTTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG373 TTTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  TTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353   TGGGCCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG351    GGGCCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG416     GGCCTTAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGGGCCTGA+17272391727246AT5G05750.1
 AtREG374GGGCCTGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGCAAAGCCC+17272581727265AT5G05750.1
 AtREG559CAAAGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAAAACGGCA+17273131727321AT5G05750.1
 AtREG531AAAACGGC  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG500 AAACGGCA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTAAACGACAC+17273381727347AT5G05750.1
 AtREG565TAAACGAC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG527  AACGACACDREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCAAAACGCCACG+17273681727379AT5G05750.1
 AtREG585CAAAACGC     PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE MotifCAAAACGC 
 AtREG650 AAAACGCC    PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG508    ACGCCACG PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.