PlantPromoterDB promoter information of AT5G05780.1

Summary of Gene (AT5G05780.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G05780 TAIR NCBI
Gene model	AT5G05780.1
Description	Encodes a putative 26S proteasome subunit RPN8a. The function of RPN8a and other 26S subunits may be required for specifying leaf adaxial identity.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1734862-1736061)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G05780.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G05780.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 1735730 -132

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	1735730	-132

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 1735731 -131

TSS clone C clone + 1735734 -128

TSS clone G clone + 1735741 -121

TSS clone G clone + 1735750 -112

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	1735731	-131
TSS clone	`C`	clone	+	1735734	-128
TSS clone	`G`	clone	+	1735741	-121
TSS clone	`G`	clone	+	1735750	-112

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCCAATAAATGACGTG + 1735631 1735647 -231 -215

AtREG355 GCCCAATA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417 CCCAATAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG657        AAATGACG   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG483          ATGACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TCAGGCCCATCATATTGGGCTTA + 1735649 1735671 -213 -191

AtREG374 TCAGGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG403    GGCCCATC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG635     GCCCATCA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509            ATATTGGG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG355             TATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402              ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407               TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426                TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAAAGCCCATT + 1735679 1735689 -183 -173

AtREG409 AAAAGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCCAATAAATGACGTG`		+	1735631	1735647	-231	-215
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG657	`AAATGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG483	`ATGACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TCAGGCCCATCATATTGGGCTTA`		+	1735649	1735671	-213	-191
	AtREG374	`TCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG403	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG635	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG509	`ATATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AAAAGCCCATT`		+	1735679	1735689	-183	-173
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None