version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G05980.2

Summary of Gene (AT5G05980.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G05980  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G05980.2  
Description A. THALIANA DHFS-FPGS HOMOLOG B (ATDFB); FUNCTIONS IN: tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity; INVOLVED IN: one-carbon compound metabolic process; LOCATED IN: chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Folylpolyglutamate synthetase, conserved site (InterPro:IPR018109), Mur ligase, central (InterPro:IPR013221), Mur ligase, C-terminal (InterPro:IPR004101), Folylpolyglutamate synthetase (InterPro:IPR001645); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATDFD (A. THALIANA DHFS-FPGS HOMOLOG D); tetrahydrofolylpolyglutamate synthase (TAIR:AT3G55630.3); Has 5065 Blast hits to 5063 proteins in 1340 species: Archae - 23; Bacteria - 2465; Metazoa - 145; Fungi - 231; Plants - 66; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2135 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1805177-1803978)

Genome position     
from initiation codon
AT5G05980.1         
AT5G05985.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G05980.2                      5'->3' (-)
Promoter sequence






 
AT5G05985           
AT5G05985.1         
AT5G05987.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence


 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G05980.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG2-1804380-203
TSS peakA2-1804347-170

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-1804343-166
TSS cloneGclone-1804295-118

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCCTCTCTCTTT-18042991804312-122-135
Y PatchTTCCTCTC-18043611804368-184-191
Y PatchCTTTCTCT-18043811804388-204-211
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGTGCCGTTT-18043981804407-221-230
 AtREG522CGTGCCGT   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG500  TGCCGTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGAACCGACT-18046291804636-452-459
 AtREG641AACCGACT PPDB MotifAACCG(G/A), CCGAC  PLACE MotifCCGAC, RCCGAC 
REGCGAACCGG-18046661804673-489-496
 AtREG423CGAACCGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2+1804798AT5G05987.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+1804810AT5G05987.1
TSS cloneTclone+1804812AT5G05987.1
TSS cloneAclone+1804849AT5G05987.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAGTCGGTT+18046291804636AT5G05987.1
 AtREG641AGTCGGTT PPDB MotifAACCG(G/A), CCGAC  PLACE MotifCCGAC, RCCGAC 
REGCCGGTTCG+18046661804673AT5G05987.1
 AtREG423CCGGTTCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCACGTGGG+18047251804732AT5G05987.1
 AtREG464CACGTGGGABA, Auxin, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
REGCACACGTGTG+18047431804752AT5G05987.1
 AtREG460CACACGTGTGABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.