PlantPromoterDB promoter information of AT5G05980.2

Summary of Gene (AT5G05980.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G05980 TAIR NCBI
Gene model	AT5G05980.2
Description	A. THALIANA DHFS-FPGS HOMOLOG B (ATDFB); FUNCTIONS IN: tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity; INVOLVED IN: one-carbon compound metabolic process; LOCATED IN: chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Folylpolyglutamate synthetase, conserved site (InterPro:IPR018109), Mur ligase, central (InterPro:IPR013221), Mur ligase, C-terminal (InterPro:IPR004101), Folylpolyglutamate synthetase (InterPro:IPR001645); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATDFD (A. THALIANA DHFS-FPGS HOMOLOG D); tetrahydrofolylpolyglutamate synthase (TAIR:AT3G55630.3); Has 5065 Blast hits to 5063 proteins in 1340 species: Archae - 23; Bacteria - 2465; Metazoa - 145; Fungi - 231; Plants - 66; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2135 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1805177-1803978)

`Genome position from initiation codon` `AT5G05980.1 AT5G05985.1 TSS from cDNA TSS information AT5G05980.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G05985 AT5G05985.1 AT5G05987.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G05980.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 - 1804380 -203

TSS peak A 2 - 1804347 -170

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	-	1804380	-203
TSS peak	`A`	2	-	1804347	-170

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 1804343 -166

TSS clone G clone - 1804295 -118

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	1804343	-166
TSS clone	`G`	clone	-	1804295	-118

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTCTCTCTTT - 1804299 1804312 -122 -135

Y Patch TTCCTCTC - 1804361 1804368 -184 -191

Y Patch CTTTCTCT - 1804381 1804388 -204 -211

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTCTCTCTTT`	-	1804299	1804312	-122	-135
Y Patch	`TTCCTCTC`	-	1804361	1804368	-184	-191
Y Patch	`CTTTCTCT`	-	1804381	1804388	-204	-211
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTGCCGTTT - 1804398 1804407 -221 -230

AtREG522 CGTGCCGT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG500 TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AACCGACT - 1804629 1804636 -452 -459

AtREG641 AACCGACT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG CGAACCGG - 1804666 1804673 -489 -496

AtREG423 CGAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTGCCGTTT`		-	1804398	1804407	-221	-230
	AtREG522	`CGTGCCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG500	`TGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AACCGACT`		-	1804629	1804636	-452	-459
	AtREG641	`AACCGACT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`CGAACCGG`		-	1804666	1804673	-489	-496
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 2 + 1804798 AT5G05987.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	2	+	1804798	AT5G05987.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 1804810 AT5G05987.1

TSS clone T clone + 1804812 AT5G05987.1

TSS clone A clone + 1804849 AT5G05987.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	1804810	AT5G05987.1
TSS clone	`T`	clone	+	1804812	AT5G05987.1
TSS clone	`A`	clone	+	1804849	AT5G05987.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AGTCGGTT + 1804629 1804636 AT5G05987.1

AtREG641 AGTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG CCGGTTCG + 1804666 1804673 AT5G05987.1

AtREG423 CCGGTTCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CACGTGGG + 1804725 1804732 AT5G05987.1

AtREG464 CACGTGGG ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG CACACGTGTG + 1804743 1804752 AT5G05987.1

AtREG460 CACACGTGTG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG