PlantPromoterDB promoter information of AT5G06290

Summary of Gene (AT5G06290)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G06290 TAIR NCBI
Gene model	AT5G06290
Description	Encodes a 2-Cys peroxiredoxin (2-Cys PrxB) that contains two catalytic Cys residues.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1918380-1919579)

`Genome position from initiation codon` `AT5G06290.1 TSS from cDNA TSS information AT5G06290 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G06280.1 AT5G06280.3 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G06290

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 18 + 1919367 -13

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	18	+	1919367	-13

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 1919244 -136

TSS clone A clone + 1919248 -132

TSS clone C clone + 1919351 -29

TSS clone A clone + 1919366 -14

TSS clone A clone + 1919368 -12

TSS clone G clone + 1919369 -11

TSS clone A clone + 1919373 -7

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	1919244	-136
TSS clone	`A`	clone	+	1919248	-132
TSS clone	`C`	clone	+	1919351	-29
TSS clone	`A`	clone	+	1919366	-14
TSS clone	`A`	clone	+	1919368	-12
TSS clone	`G`	clone	+	1919369	-11
TSS clone	`A`	clone	+	1919373	-7

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTTCTTCC + 1919399 1919412 19 32

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTTCTTCC`	+	1919399	1919412	19	32
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGTGTCGTTCCGGTTCA + 1919185 1919201 -195 -179

AtREG599 GGTGTCGT          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527 GTGTCGTT         DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG534        TTCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579         TCCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480          CCGGTTCA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGTGTCGTTCCGGTTCA`		+	1919185	1919201	-195	-179
	AtREG599	`GGTGTCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG527	`GTGTCGTT`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG534	`TTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`TCCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`CCGGTTCA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 - 1918893 AT5G06280.1, AT5G06280.3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	-	1918893	AT5G06280.1, AT5G06280.3

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 1918887 AT5G06280.1, AT5G06280.3

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	1918887	AT5G06280.1, AT5G06280.3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCTTC - 1918929 1918936 AT5G06280.1, AT5G06280.3

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCTTC`	-	1918929	1918936	AT5G06280.1, AT5G06280.3
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AACGACACC - 1919185 1919193 AT5G06280.1, AT5G06280.3

AtREG527 AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG599 ACGACACC PPDB Motif PLACE Motif