PlantPromoterDB promoter information of AT5G06660.1

Summary of Gene (AT5G06660.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G06660 TAIR NCBI
Gene model	AT5G06660.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF841, eukaryotic (InterPro:IPR008559); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G12030.1); Has 193 Blast hits to 193 proteins in 88 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 124; Fungi - 0; Plants - 28; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 41 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 2045863-2047062)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G06660.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G06660.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 21 + 2046814 -49

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	21	+	2046814	-49

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 2046803 -60

TSS clone G clone + 2046811 -52

TSS clone A clone + 2046814 -49

TSS clone T clone + 2046815 -48

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	2046803	-60
TSS clone	`G`	clone	+	2046811	-52
TSS clone	`A`	clone	+	2046814	-49
TSS clone	`T`	clone	+	2046815	-48

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCCTAGA + 2046535 2046542 -328 -321

AtREG658 ACCCTAGA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG TCAAAACGACGTC + 2046589 2046601 -274 -262

AtREG653 TCAAAACG      PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG520   AAAACGAC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415    AAACGACG   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493     AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431      ACGACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TGCCGTTTA + 2046616 2046624 -247 -239

AtREG500 TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG613 GCCGTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG GGCGTTTT + 2046655 2046662 -208 -201

AtREG650 GGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CATTGGGCCCT + 2046667 2046677 -196 -186

AtREG461 CATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392   TTGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG400    TGGGCCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GTGGGCTTTTA + 2046724 2046734 -139 -129

AtREG518 GTGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376 TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409   GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549    GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTTGACCC + 2046741 2046748 -122 -115

AtREG592 TTTGACCC PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG TTGACTTT + 2046762 2046769 -101 -94

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCCTAGA`		+	2046535	2046542	-328	-321
	AtREG658	`ACCCTAGA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`TCAAAACGACGTC`		+	2046589	2046601	-274	-262
	AtREG653	`TCAAAACG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG431	`ACGACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TGCCGTTTA`		+	2046616	2046624	-247	-239
	AtREG500	`TGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG613	`GCCGTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`GGCGTTTT`		+	2046655	2046662	-208	-201
	AtREG650	`GGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`CATTGGGCCCT`		+	2046667	2046677	-196	-186
	AtREG461	`CATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`TTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG400	`TGGGCCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GTGGGCTTTTA`		+	2046724	2046734	-139	-129
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTTGACCC`		+	2046741	2046748	-122	-115
	AtREG592	`TTTGACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`TTGACTTT`		+	2046762	2046769	-101	-94
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None