PlantPromoterDB promoter information of AT5G08040.1

Summary of Gene (AT5G08040.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G08040 TAIR NCBI
Gene model	AT5G08040.1
Description	MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM5 HOMOLOG (TOM5); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion, plastid; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; Has 16 Blast hits to 16 proteins in 6 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 16; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 2579073-2577874)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G08040.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G08050.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G08040.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 2578144 -71

TSS clone peak A clone - 2578143 -70

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	2578144	-71
TSS clone peak	`A`	clone	-	2578143	-70

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTT - 2578112 2578120 -39 -47

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTT`	-	2578112	2578120	-39	-47
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCGGTTAT - 2578227 2578235 -154 -162

AtREG503 ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG548 CCGGTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG AACACGTGTCGTT - 2578291 2578303 -218 -230

AtREG590 AACACGTG      ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG478    ACGTGTCG   ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG428     CGTGTCGT ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527      GTGTCGTT DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCGGTTAT`		-	2578227	2578235	-154	-162
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG548	`CCGGTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`AACACGTGTCGTT`		-	2578291	2578303	-218	-230
	AtREG590	`AACACGTG`	ABA, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG366	`CACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG478	`ACGTGTCG`	ABA, DREB1Aox, Drought	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG428	`CGTGTCGT`	ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG527	`GTGTCGTT`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 26 + 2578350 AT5G08050.1

TSS peak T 4 + 2578606 AT5G08055.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	26	+	2578350	AT5G08050.1
TSS peak	`T`	4	+	2578606	AT5G08055.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 2578353 AT5G08050.1

TSS clone G clone + 2578361 AT5G08050.1

TSS clone A clone + 2578369 AT5G08050.1

TSS clone G clone + 2578381 AT5G08050.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	2578353	AT5G08050.1
TSS clone	`G`	clone	+	2578361	AT5G08050.1
TSS clone	`A`	clone	+	2578369	AT5G08050.1
TSS clone	`G`	clone	+	2578381	AT5G08050.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCCTCCT + 2578317 2578324 AT5G08050.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCCTCCT`	+	2578317	2578324	AT5G08050.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAGGGCTTTTAAAACGACGA + 2578122 2578141 AT5G08050.1

AtREG651 TAGGGCTT             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409   GGGCTTTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549    GGCTTTTA          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520           AAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415            AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG648             AACGACGA PPDB Motif PLACE Motif

REG AGTCGGTT + 2578161 2578168 AT5G08050.1

AtREG641 AGTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG ATAACCGGT + 2578227 2578235 AT5G08050.1

AtREG548 ATAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG503 TAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG AACGACACGTGTT + 2578291 2578303 AT5G08050.1

AtREG527 AACGACAC      DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG428 ACGACACG     ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG478   CGACACGT    ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366    GACACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG590      CACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG