PlantPromoterDB promoter information of AT5G08050.1

Summary of Gene (AT5G08050.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G08050 TAIR NCBI
Gene model	AT5G08050.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1118 (InterPro:IPR009500), Uncharacterised conserved protein UCP022207 (InterPro:IPR016801); Has 41 Blast hits to 41 proteins in 10 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 40; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 2577418-2578617)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G08050.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G08040.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G08050.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 26 + 2578350 -68

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	26	+	2578350	-68

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 2578353 -65

TSS clone G clone + 2578361 -57

TSS clone A clone + 2578369 -49

TSS clone G clone + 2578381 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	2578353	-65
TSS clone	`G`	clone	+	2578361	-57
TSS clone	`A`	clone	+	2578369	-49
TSS clone	`G`	clone	+	2578381	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCCTCCT + 2578317 2578324 -101 -94

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCCTCCT`	+	2578317	2578324	-101	-94
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAGGGCTTTTAAAACGACGA + 2578122 2578141 -296 -277

AtREG651 TAGGGCTT             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409   GGGCTTTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549    GGCTTTTA          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520           AAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415            AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG648             AACGACGA PPDB Motif PLACE Motif

REG AGTCGGTT + 2578161 2578168 -257 -250

AtREG641 AGTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG ATAACCGGT + 2578227 2578235 -191 -183

AtREG548 ATAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG503 TAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG AACGACACGTGTT + 2578291 2578303 -127 -115

AtREG527 AACGACAC      DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG428 ACGACACG     ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG478   CGACACGT    ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366    GACACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG590      CACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAGGGCTTTTAAAACGACGA`		+	2578122	2578141	-296	-277
	AtREG651	`TAGGGCTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG648	`AACGACGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGTCGGTT`		+	2578161	2578168	-257	-250
	AtREG641	`AGTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`ATAACCGGT`		+	2578227	2578235	-191	-183
	AtREG548	`ATAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG503	`TAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`AACGACACGTGTT`		+	2578291	2578303	-127	-115
	AtREG527	`AACGACAC`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG428	`ACGACACG`	ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG478	`CGACACGT`	ABA, DREB1Aox, Drought	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG366	`GACACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG590	`CACGTGTT`	ABA, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak T 4 + 2578606 AT5G08055.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`T`	4	+	2578606	AT5G08055.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 2578144 AT5G08040.1

TSS clone peak A clone - 2578143 AT5G08040.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	2578144	AT5G08040.1
TSS clone peak	`A`	clone	-	2578143	AT5G08040.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTT - 2578112 2578120 AT5G08040.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTT`	-	2578112	2578120	AT5G08040.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACCGGTTAT - 2578227 2578235 AT5G08040.1

AtREG503 ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG548 CCGGTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG AACACGTGTCGTT - 2578291 2578303 AT5G08040.1

AtREG590 AACACGTG      ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG478    ACGTGTCG   ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG428     CGTGTCGT ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527      GTGTCGTT DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif