version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G08290.1

Summary of Gene (AT5G08290.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G08290  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G08290.1  
Description Encodes Dim1 homolog.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 2665043-2666242)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G08290.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence





 
AT5G08280.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G08290.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG68+2666000-43

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+2665978-65
TSS cloneAclone+2665979-64
TSS cloneGclone+2665995-48
TSS cloneAclone+2665996-47
TSS cloneAclone+2666001-42

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxAATATAAAAT+26659622665971-81-72
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTATTGGGCCGG+26658582665869-185-174
 AtREG417TTATTGGG     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414   TTGGGCCG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG457    TGGGCCGGCK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGGGGCTTAGCCCAAAC+26658872665901-156-142
 AtREG634GGGCTTAG        PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG571    TTAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469      AGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG474       GCCCAAAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTCACGCG+26659132665920-130-123
 AtREG631TTCACGCGDrought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACGCGCCG+26659292665936-114-107
 AtREG538ACGCGCCG PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA28-2665719AT5G08280.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-2665726AT5G08280.1
TSS cloneTclone-2665707AT5G08280.1
TSS cloneAclone-2665705AT5G08280.1
TSS cloneGclone-2665695AT5G08280.1
TSS cloneTclone-2665683AT5G08280.1
TSS cloneCclone-2665619AT5G08280.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTCTTC-26656702665678AT5G08280.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCGGCCCAATAA-26658582665869AT5G08280.1
 AtREG457CCGGCCCA    CK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414 CGGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352  GGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355   GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG417    CCCAATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGTTTGGGCTAAGCCC-26658872665901AT5G08280.1
 AtREG474GTTTGGGC        PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG469 TTTGGGCT       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG571   TGGGCTAA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG634       CTAAGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGCGTGAA-26659132665920AT5G08280.1
 AtREG631CGCGTGAADrought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCGGCGCGT-26659292665936AT5G08280.1
 AtREG538CGGCGCGT PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.