PlantPromoterDB promoter information of AT5G09620.1

Summary of Gene (AT5G09620.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G09620 TAIR NCBI
Gene model	AT5G09620.1
Description	octicosapeptide/Phox/Bem1p (PB1) domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Octicosapeptide/Phox/Bem1p (InterPro:IPR000270); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: octicosapeptide/Phox/Bem1p (PB1) domain-containing protein (TAIR:AT5G64430.1); Has 17878 Blast hits to 10318 proteins in 471 species: Archae - 0; Bacteria - 445; Metazoa - 7320; Fungi - 1844; Plants - 1595; Viruses - 152; Other Eukaryotes - 6522 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 2986352-2985153)

`Genome position from initiation codon` `AT5G09630.1 TSS from cDNA TSS information AT5G09620.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G09620.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 2985438 -86

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	2985438	-86

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 2985437 -85

TSS clone A clone - 2985435 -83

TSS clone T clone - 2985434 -82

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	2985437	-85
TSS clone	`A`	clone	-	2985435	-83
TSS clone	`T`	clone	-	2985434	-82

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCTCTCC - 2985451 2985458 -99 -106

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCTCTCC`	-	2985451	2985458	-99	-106
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTGTCACGT - 2985494 2985503 -142 -151

AtREG498 CGTGTCAC   ABA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG606   TGTCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TTCCACGTGTA - 2985544 2985554 -192 -202

AtREG627 TTCCACGT    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG408 TCCACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG382   CCACGTGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG453    CACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTGTCACGT`		-	2985494	2985503	-142	-151
	AtREG498	`CGTGTCAC`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG606	`TGTCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TTCCACGTGTA`		-	2985544	2985554	-192	-202
	AtREG627	`TTCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG408	`TCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG382	`CCACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG453	`CACGTGTA`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None