version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G10280

Summary of Gene (AT5G10280)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G10280  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G10280  
Description Encodes a putative transcription factor (MYB92).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3216326-3217525)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G10280                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT5G10240.1         
AT5G10240.2         
AT5G10250.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10280

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakC4+3232670-106

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+3232654-122

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGTTGGA+32323893232396-387-380
 AtREG554CCGTTGGA PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGCACGTGGT+32325783232585-198-191
 AtREG544CACGTGGTABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-3216466AT5G10240.1, AT5G10240.2
TSS cloneCclone-3216464AT5G10240.1, AT5G10240.2
TSS clone peakTclone-3216448AT5G10240.1, AT5G10240.2
TSS cloneTclone-3216445AT5G10240.1, AT5G10240.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCAACGGTC-32165233216530AT5G10240.1, AT5G10240.2
 AtREG553CAACGGTCAuxin PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGTCAAAACGCGTCGTTTT-32166843216700AT5G10240.1, AT5G10240.2
 AtREG653TCAAAACG          PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG585 CAAAACGC         PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE MotifCAAAACGC 
 AtREG566  AAAACGCG        PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG633   AAACGCGT       PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG439       GCGTCGTT   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415        CGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG520         GTCGTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCGACATCG-32167223216729AT5G10240.1, AT5G10240.2
 AtREG630CGACATCG PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.