version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G10280

Summary of Gene (AT5G10280)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G10280  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G10280  
Description Encodes a putative transcription factor (MYB92).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3224176-3225375)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G10280                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT5G10270.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10280

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakC4+3232670-106

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+3232654-122

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGTTGGA+32323893232396-387-380
 AtREG554CCGTTGGA PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGCACGTGGT+32325783232585-198-191
 AtREG544CACGTGGTABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone-3224765AT5G10270.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTAAACCGAA-32248113224820AT5G10270.1
 AtREG473TTAAACCG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568  AAACCGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGACCGGTTCAAACCGGAC-32248323224849AT5G10270.1
 AtREG552GACCGGTT           PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG528 ACCGGTTC          PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG480  CCGGTTCA         PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG640   CGGTTCAA        PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG496        CAAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521         AAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG573          AACCGGAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTTAACGG-32248883224895AT5G10270.1
 AtREG610TTTAACGG PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGAAAACCGGTC-32249393224948AT5G10270.1
 AtREG542AAAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436 AAACCGGT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG552  AACCGGTC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.