PlantPromoterDB promoter information of AT5G10290.1

Summary of Gene (AT5G10290.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G10290 TAIR NCBI
Gene model	AT5G10290.1
Description	leucine-rich repeat family protein / protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine protein kinase (InterPro:IPR002290), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Leucine-rich repeat, N-terminal (InterPro:IPR013210), Tyrosine protein kinase (InterPro:IPR001245), Serine/threonine protein kinase-related (InterPro:IPR017442), Serine/threonine protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009), Protein kinase, core (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat, typical subtype (InterPro:IPR003591); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: kinase (TAIR:AT5G65240.1); Has 122421 Blast hits to 85605 proteins in 2936 species: Archae - 56; Bacteria - 9576; Metazoa - 41410; Fungi - 5522; Plants - 50342; Viruses - 397; Other Eukaryotes - 15118 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3232921-3231722)

`Genome position from initiation codon` `AT5G10278.1 AT5G10278.2 TSS from cDNA TSS information AT5G10290.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G10278 AT5G10278.1 AT5G10278.2 AT5G10280.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10290.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 3238650 -479

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	3238650	-479

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 3238649 -478

TSS clone T clone - 3238618 -447

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	3238649	-478
TSS clone	`T`	clone	-	3238618	-447

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTCT - 3238642 3238649 -471 -478

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTCT`	-	3238642	3238649	-471	-478
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAAAGGCC - 3238730 3238737 -559 -566

AtREG656 CAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG ATCCACGTAATTA - 3238850 3238862 -679 -691

AtREG547 ATCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG646 CGTAATTA ABA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAAAGGCC`		-	3238730	3238737	-559	-566
	AtREG656	`CAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATCCACGTAATTA`		-	3238850	3238862	-679	-691
	AtREG547	`ATCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG646	`CGTAATTA`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak C 4 + 3232670 AT5G10280.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`C`	4	+	3232670	AT5G10280.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 3232654 AT5G10280.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	3232654	AT5G10280.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCGTTGGA + 3232389 3232396 AT5G10280.1

AtREG554 CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG CACGTGGT + 3232578 3232585 AT5G10280.1

AtREG544 CACGTGGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG