version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G10350.1

Summary of Gene (AT5G10350.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G10350  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G10350.1  
Description polyadenylate-binding protein family protein / PABP family protein; FUNCTIONS IN: protein binding, RNA binding, poly(A) binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: polyadenylate-binding protein family protein / PABP family protein (TAIR:AT5G65260.1); Has 5173 Blast hits to 4727 proteins in 414 species: Archae - 4; Bacteria - 591; Metazoa - 2173; Fungi - 904; Plants - 878; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 623 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3258746-3257547)

Genome position     
from initiation codon
AT5G10350.2         
AT5G10360.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G10350.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10350.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8-3257802-56

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-3257807-61
TSS cloneCclone-3257773-27

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGACGACGTCGTT-32578543257865-108-119
 AtREG526GACGACGT     PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG431 ACGACGTCGT  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG493    ACGTCGTT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGGAGGCCCAATA-32578693257879-123-133
 AtREG447GAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356 AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352  GGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355   GCCCAATA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATAATGGGCT-32578973257906-151-160
 AtREG546ATAATGGG   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG357 TAATGGGC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGGGGCCTATGATGGGCCGAA-32579573257975-211-229
 AtREG362GGGCCTAT            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG635       TGATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG403        GATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380         ATGGGCCG   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG393          TGGGCCGA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG427           GGGCCGAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.