PlantPromoterDB promoter information of AT5G10360.1

Summary of Gene (AT5G10360.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G10360 TAIR NCBI
Gene model	AT5G10360.1
Description	embryo defective 3010 (EMB3010); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: embryonic development ending in seed dormancy, translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, plasma membrane; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S6e (InterPro:IPR001377), Ribosomal protein S6, eukaryotic (InterPro:IPR014401), Ribosomal protein S6e, conserved site (InterPro:IPR018282); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RPS6 (RIBOSOMAL PROTEIN S6); structural constituent of ribosome (TAIR:AT4G31700.1); Has 832 Blast hits to 830 proteins in 304 species: Archae - 152; Bacteria - 0; Metazoa - 342; Fungi - 112; Plants - 80; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 146 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3261142-3259943)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G10360.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10360.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 55 - 3260226 -84

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	55	-	3260226	-84

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 3260227 -85

TSS clone C clone - 3260226 -84

TSS clone T clone - 3260225 -83

TSS clone A clone - 3260224 -82

TSS clone A clone - 3260216 -74

TSS clone T clone - 3260195 -53

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	3260227	-85
TSS clone	`C`	clone	-	3260226	-84
TSS clone	`T`	clone	-	3260225	-83
TSS clone	`A`	clone	-	3260224	-82
TSS clone	`A`	clone	-	3260216	-74
TSS clone	`T`	clone	-	3260195	-53

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTCCTATAAGT - 3260254 3260264 -112 -122

Y Patch CTTCTCTC - 3260244 3260251 -102 -109

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTCCTATAAGT`	-	3260254	3260264	-112	-122
Y Patch	`CTTCTCTC`	-	3260244	3260251	-102	-109
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTAGGCCCAATT - 3260287 3260298 -145 -156

AtREG435 GTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418     GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTATGGGCCCATAA - 3260302 3260315 -160 -173

AtREG391   ATGGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364 TATGGGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394 TTATGGGCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCCAAAT - 3260320 3260327 -178 -185

AtREG421 GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTAGGCCCAATT`		-	3260287	3260298	-145	-156
	AtREG435	`GTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTATGGGCCCATAA`		-	3260302	3260315	-160	-173
	AtREG391	`ATGGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`TATGGGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`TTATGGGCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCCAAAT`		-	3260320	3260327	-178	-185
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTATAAATT + 3261125 3261135 AT5G10370.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTATAAATT`	+	3261125	3261135	AT5G10370.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None