version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G10380

Summary of Gene (AT5G10380)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G10380  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G10380  
Description Encodes a RING finger domain protein with E3 ligase activity that is localized to the lipid rafts of the plasma membrane. Expression is increased in response to fungal pathogen. May be involved in regulation of programmed cell death by facilitating degredation of regulation of PDC activators.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3256869-3258068)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G10380                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT5G10350.1         
AT5G10350.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence








 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10380

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG28+3267706-113

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+3266846-973
TSS cloneTclone+3267636-183

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGCCTTTAA+32674803267487-339-332
 AtREG639GCCTTTAA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8-3257802AT5G10350.2, AT5G10350.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-3257807AT5G10350.2, AT5G10350.1
TSS cloneCclone-3257773AT5G10350.2, AT5G10350.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGACGACGTCGTT-32578543257865AT5G10350.1, AT5G10350.2
 AtREG526GACGACGT     PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG431 ACGACGTCGT  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG493    ACGTCGTT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGGAGGCCCAATA-32578693257879AT5G10350.1, AT5G10350.2
 AtREG447GAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356 AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352  GGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355   GCCCAATA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATAATGGGCT-32578973257906AT5G10350.1, AT5G10350.2
 AtREG546ATAATGGG   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG357 TAATGGGC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGGGGCCTATGATGGGCCGAA-32579573257975AT5G10350.1, AT5G10350.2
 AtREG362GGGCCTAT            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG635       TGATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG403        GATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380         ATGGGCCG   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG393          TGGGCCGA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG427           GGGCCGAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.