PlantPromoterDB promoter information of AT5G10380

Summary of Gene (AT5G10380)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G10380 TAIR NCBI
Gene model	AT5G10380
Description	Encodes a RING finger domain protein with E3 ligase activity that is localized to the lipid rafts of the plasma membrane. Expression is increased in response to fungal pathogen. May be involved in regulation of programmed cell death by facilitating degredation of regulation of PDC activators.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3257619-3258818)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G10380 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G10350.1 AT5G10350.2 AT5G10360.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10380

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 28 + 3267706 -113

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	28	+	3267706	-113

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 3266846 -973

TSS clone T clone + 3267636 -183

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	3266846	-973
TSS clone	`T`	clone	+	3267636	-183

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCTTTAA + 3267480 3267487 -339 -332

AtREG639 GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCTTTAA`		+	3267480	3267487	-339	-332
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 3257802 AT5G10350.2, AT5G10350.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	3257802	AT5G10350.2, AT5G10350.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 3257807 AT5G10350.2, AT5G10350.1

TSS clone C clone - 3257773 AT5G10350.2, AT5G10350.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	3257807	AT5G10350.2, AT5G10350.1
TSS clone	`C`	clone	-	3257773	AT5G10350.2, AT5G10350.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GACGACGTCGTT - 3257854 3257865 AT5G10350.1, AT5G10350.2

AtREG526 GACGACGT     PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431 ACGACGTCGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG493     ACGTCGTT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG GAGGCCCAATA - 3257869 3257879 AT5G10350.1, AT5G10350.2

AtREG447 GAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356 AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAATGGGCT - 3257897 3257906 AT5G10350.1, AT5G10350.2

AtREG546 ATAATGGG   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG GGGCCTATGATGGGCCGAA - 3257957 3257975 AT5G10350.1, AT5G10350.2

AtREG362 GGGCCTAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG635        TGATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG403         GATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380          ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393           TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG427            GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC