version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G10380

Summary of Gene (AT5G10380)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G10380  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G10380  
Description Encodes a RING finger domain protein with E3 ligase activity that is localized to the lipid rafts of the plasma membrane. Expression is increased in response to fungal pathogen. May be involved in regulation of programmed cell death by facilitating degredation of regulation of PDC activators.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3260169-3261368)

Genome position     
from initiation codon
AT5G10370.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G10380                        5'->3' (+)
Promoter sequence




 
AT5G10360.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence









 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10380

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG28+3267706-113

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+3266846-973
TSS cloneTclone+3267636-183

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGCCTTTAA+32674803267487-339-332
 AtREG639GCCTTTAA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4+3261162AT5G10370.1
TSS peakA4+3261193AT5G10370.1
TSS peakC55-3260226AT5G10360.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone-3260227AT5G10360.1
TSS cloneCclone-3260226AT5G10360.1
TSS cloneTclone-3260225AT5G10360.1
TSS cloneAclone-3260224AT5G10360.1
TSS cloneAclone-3260216AT5G10360.1
TSS cloneTclone-3260195AT5G10360.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTCCTATAAGT-32602543260264AT5G10360.1
TATA BoxCCTTATAAATT+32611253261135AT5G10370.1
Y PatchCTTCTCTC-32602443260251AT5G10360.1
Y PatchTCTTTCTCTTTC+32611733261184AT5G10370.1
Y PatchTCTCTCAT+32611873261194AT5G10370.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTAGGCCCAATT-32602873260298AT5G10360.1
 AtREG435GTAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358 TAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352   GGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG418    GCCCAATT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTATGGGCCCATAA-32603023260315AT5G10360.1
 AtREG391  ATGGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG422   TGGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364 TATGGGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG394TTATGGGCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGCCCAAAT-32603203260327AT5G10360.1
 AtREG421GCCCAAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.