PlantPromoterDB promoter information of AT5G10380.1

Summary of Gene (AT5G10380.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G10380 TAIR NCBI
Gene model	AT5G10380.1
Description	Encodes a RING finger domain protein with E3 ligase activity that is localized to the lipid rafts of the plasma membrane. Expression is increased in response to fungal pathogen. May be involved in regulation of programmed cell death by facilitating degredation of regulation of PDC activators.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3260219-3261418)

`Genome position from initiation codon` `AT5G10370.1 TSS from cDNA TSS information AT5G10380.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G10360.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10380.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 28 + 3267706 -113

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	28	+	3267706	-113

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 3266846 -973

TSS clone T clone + 3267636 -183

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	3266846	-973
TSS clone	`T`	clone	+	3267636	-183

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCTTTAA + 3267480 3267487 -339 -332

AtREG639 GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCTTTAA`		+	3267480	3267487	-339	-332
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 3261162 AT5G10370.1

TSS peak A 4 + 3261193 AT5G10370.1

TSS peak C 55 - 3260226 AT5G10360.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	3261162	AT5G10370.1
TSS peak	`A`	4	+	3261193	AT5G10370.1
TSS peak	`C`	55	-	3260226	AT5G10360.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 3260227 AT5G10360.1

TSS clone C clone - 3260226 AT5G10360.1

TSS clone T clone - 3260225 AT5G10360.1

TSS clone A clone - 3260224 AT5G10360.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	3260227	AT5G10360.1
TSS clone	`C`	clone	-	3260226	AT5G10360.1
TSS clone	`T`	clone	-	3260225	AT5G10360.1
TSS clone	`A`	clone	-	3260224	AT5G10360.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTCCTATAAGT - 3260254 3260264 AT5G10360.1

TATA Box CCTTATAAATT + 3261125 3261135 AT5G10370.1

Y Patch CTTCTCTC - 3260244 3260251 AT5G10360.1

Y Patch TCTTTCTCTTTC + 3261173 3261184 AT5G10370.1

Y Patch TCTCTCAT + 3261187 3261194 AT5G10370.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTCCTATAAGT`	-	3260254	3260264	AT5G10360.1
TATA Box	`CCTTATAAATT`	+	3261125	3261135	AT5G10370.1
Y Patch	`CTTCTCTC`	-	3260244	3260251	AT5G10360.1
Y Patch	`TCTTTCTCTTTC`	+	3261173	3261184	AT5G10370.1
Y Patch	`TCTCTCAT`	+	3261187	3261194	AT5G10370.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTAGGCCCAATT - 3260287 3260298 AT5G10360.1

AtREG435 GTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418     GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTATGGGCCCATAA - 3260302 3260315 AT5G10360.1

AtREG391   ATGGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364 TATGGGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394 TTATGGGCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCCAAAT - 3260320 3260327 AT5G10360.1

AtREG421 GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif