PlantPromoterDB promoter information of AT5G10400.1

Summary of Gene (AT5G10400.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G10400 TAIR NCBI
Gene model	AT5G10400.1
Description	histone H3; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: nucleosome assembly; LOCATED IN: nucleus, chloroplast, nucleosome; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone H3 (InterPro:IPR000164), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Histone core (InterPro:IPR007125); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone H3 (TAIR:AT5G65360.1); Has 10280 Blast hits to 10277 proteins in 5329 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 7396; Fungi - 1309; Plants - 999; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 576 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3271888-3270689)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G10400.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10400.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 3270952 -64

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	3270952	-64

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 3270954 -66

TSS clone A clone - 3270952 -64

TSS clone T clone - 3270951 -63

TSS clone A clone - 3270948 -60

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	3270954	-66
TSS clone	`A`	clone	-	3270952	-64
TSS clone	`T`	clone	-	3270951	-63
TSS clone	`A`	clone	-	3270948	-60

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TATAAAAA - 3270979 3270986 -91 -98

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TATAAAAA`	-	3270979	3270986	-91	-98
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTATTGG - 3271092 3271099 -204 -211

AtREG611 CTTATTGG PPDB Motif PLACE Motif

REG ATGACGTGGAT - 3271115 3271125 -227 -237

AtREG483 ATGACGTG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419 TGACGTGG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG547    ACGTGGAT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTATTGG`		-	3271092	3271099	-204	-211
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATGACGTGGAT`		-	3271115	3271125	-227	-237
	AtREG483	`ATGACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG419	`TGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG547	`ACGTGGAT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone + 3271855 AT5G10410.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	3271855	AT5G10410.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GTATATAAAAA + 3271816 3271826 AT5G10410.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GTATATAAAAA`	+	3271816	3271826	AT5G10410.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AACGACGA + 3271691 3271698 AT5G10410.1

AtREG648 AACGACGA PPDB Motif PLACE Motif